Modulefiles
Na računalnom klasteru Isabella koristi se alat Modulefiles za podršku instalacije više različitih verzija istih programa. Za svaku verziju dostupnog programa pripremljen je modul u kojem je definirano koje varijable okoline se postavljaju prilikom aktivacije modula.
Osnovna naredba za rad s Modulefiles je module. Sve izmjene nad varijablama okoline odnose se isključivo za aktivnu sesiju, odnosno za pokrenuti posao. Stoga je module potrebno aktivirati kod svakog podnošenja posla.
Popis dostupnih modula može se dobiti naredbom:
module avail
Ili popis programa za određeni alat, npr mpi:
module avail mpi
Akiviranje modula, odnosno postavljanje potrebnih varijable okoline:
module load ime_modula
Izmjena aktivne verzije modula:
module switch ime_modula nova_verzija
konkretan primjer izmjene MPI okoline:
# module load mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64 # which mpicc /usr/lib64/mvapich2-intel-2.2/bin/mpicc # module switch mpi mpi/openmpi3-intel-x86_64 # which mpicc /usr/lib64/openmpi3-intel/bin/mpicc
Pregled svih aktivnih modula za koje je prethodno izvedena naredba load ili koji su učitani od strane drugog modula:
module list
Deaktivacija modula, odnosno uklanjanje varijabli okoline postavljenih od određenog modula:
module unload ime_modula
Deaktivacija svih modula:
module purge
Pregled akcija nad varijablama okoline koje određeni modul izvršava:
module show ime_modula
Svaki znanstveni softver koji je besplatan dostupan je akademskoj i znanstvenoj zajednici. Korisnici mogu zatražiti zahtjev za njegovu instalaciju putem kontakta isabella@srce.hr.
Prevodioci
Intel
U tablici su navedene dostupne verzije Intel prevodilaca i pripadni moduli. Preporuča se korištenje najnovije verzije - Intel 2019.
Verzija | Modul |
---|---|
Intel 2019 | intel/2019 |
Intel 2018 | intel/2018 |
Intel 2017 | intel/2017 |
Za prevođenja pograma koriste se:
- icc - prevodilac za C
- ifort - prevodilac za Fortran.
Instalirane su i matematičke knjižnice Intel MKL (engl. Math Kernel Library) koje se nalaze u $MKLROOT. Upute za korištenje knjižnica: MKL Developer Guide. Parametri za prevođenje u paralelnih aplikacija u Fortranu:
export FFLAGS="-i8 -I${MKLROOT}/include/intel64/ilp64 -I${MKLROOT}/include" export FCFLAGS=$FFLAGS export LIBS="${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_blas95_ilp64.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_lapack95_ilp64.a -L${MKLROOT}/lib/intel64 -lmkl_scalapack_ilp64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_ilp64 -lpthread -lm -ldl"
Koristan link za prevođenje aplikacija s korištenjem knjižnica Intel MKL: Intel MKL link advisor.
Intel oneAPI
Dostupne verzije Intel oneAPI prevodilacaU tablici su navedene dostupne verzije Intel oneAPI prevodilaca i pripadni moduli. Preporuča se korištenje najnovije verzije - Intel 2019.
Verzija | Modul |
---|---|
Intel oneAPI Compilers 2022 | 2022.0.2 |
Za prevođenja pograma koriste se:
- icc - Intel(R) C++ Compiler Classic
- icpc - Intel(R) C Compiler Classic
- ifort - Intel(R) Fortran Compiler Classic
- icx - Intel(R) oneAPI C Compiler
- icpx - Intel(R) oneAPI C++ Compiler
- ifx - Intel(R) Fortran Compiler
- dpcpp - Intel(R) oneAPI DPC++ (Data Parallel C++)
Primjer:
module load oneAPI/intel-oneapi-compilers-2022.0.2 icx --version
GCC
Različite verzije GNU C i C++ prevodilaca su na klaster instalirane iz Software Collections repozitorija.
U tablici su navedene dostupne verzije GNU C i C++ prevodilaca i pripadni moduli.
Verzija | Modul |
---|---|
GCC 7.3.1 | gcc/7 |
GCC 8.2.1 | gcc/8 |
GCC 9.3.1 | gcc/9 |
Primjer:
module load gcc/8 gcc -v Using built-in specs. COLLECT_GCC=gcc COLLECT_LTO_WRAPPER=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/libexec/gcc/x86_64-redhat-linux/8/lto-wrapper Target: x86_64-redhat-linux Configured with: ../configure --enable-bootstrap --enable-languages=c,c++,fortran,lto --prefix=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr --mandir=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/share/man --infodir=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/share/info --with-bugurl=http://bugzilla.redhat.com/bugzilla --enable-shared --enable-threads=posix --enable-checking=release --enable-multilib --with-system-zlib --enable-__cxa_atexit --disable-libunwind-exceptions --enable-gnu-unique-object --enable-linker-build-id --with-gcc-major-version-only --with-linker-hash-style=gnu --with-default-libstdcxx-abi=gcc4-compatible --enable-plugin --enable-initfini-array --with-isl=/builddir/build/BUILD/gcc-8.2.1-20180905/obj-x86_64-redhat-linux/isl-install --disable-libmpx --enable-gnu-indirect-function --with-tune=generic --with-arch_32=x86-64 --build=x86_64-redhat-linux Thread model: posix gcc version 8.2.1 20180905 (Red Hat 8.2.1-3) (GCC)
PGI
Dostupan je i PGI Community Edition Version 19.10 prevodioc.
Verzija | Modul |
---|---|
PGI Community Edition Version 19.10 | pgi/19.10 |
Za prevođenja pograma koriste se:
- pgcc - prevodilac za C
- pgc++ - prevodilac za C++
- pgfortran - prevodilac za Fortran.
Primjer:
module load pgi/19.10 pgcc --version pgc++ --version pgfortran --version
NVIDIA HPC SDK
Knjižnice i prevodioci za NVIDIA GPU-ove. Više informacija možete pronaći na adresi: https://developer.nvidia.com/hpc-sdk.
Verzija | Modul | |
---|---|---|
NVIDIA HPC SDK | 20.7 | nvhpc/20.7 |
21.5 | nvhpc/21.5 | |
22.2 | nvhpc/22.2 | |
NVIDIA HPC SDK bez prevodioca | 20.7 | nvhpc-byo-compiler/20.7 |
21.5 | nvhpc-byo-compiler/21.5 | |
22.2 | nvhpc-byo-compiler/22.2 | |
NVIDIA HPC SDK bez MPI | 20.7 | nvhpc-nompi/20.7 |
21.5 | nvhpc-nompi/21.5 | |
22.2 | nvhpc-nompi/22.2 |
Za prevođenja pograma koriste se:
- nvc - prevodilac za C
- nvc++ - prevodilac za C++
- nvfortran - prevodilac za Fortran.
MPI
U tablici su navedene dostupne verzije knjižnica MPI i pripadni moduli. Preporuča se korištenje verzija pripremljenih s Intel prevodiocima.
Verzija | Prevodilac | Modul |
---|---|---|
MVAPICH2 2.0 | GNU 4.8.5 | mpi/mvapich2-2.0-x86_64 mpi/mvapich2-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | GNU 4.8.5 | mpi/mvapich2-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2.3 | GNU 4.8.5 | mpi/mvapich23-x86_64 |
MVAPICH2 2.0 | Intel 2017 | mpi/mvapich2-intel2017-2.0-x86_64 mpi/mvapich2-intel2017-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | Intel 2017 | mpi/mvapich2-intel2017-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | Intel 2017, CUDA 9.0 | mpi/mvapich2-intel2017-cuda90-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2.0 | Intel 2018 | mpi/mvapich2-intel2018-x86_64 mpi/mvapich2-intel2018-2.0-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | Intel 2018 | mpi/mvapich2-intel2018-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | Intel 2018, CUDA 10.0 | mpi/mvapich2-intel2018-cuda-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2.0 | Intel 2019 | mpi/mvapich2-intel-2.0-x86_64 mpi/mvapich2-intel-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | Intel 2019 | mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64 |
MVAPICH2 2.2 | Intel 2019, CUDA 10.1 | mpi/mvapich2-intel2019-cuda101-2.2-x86_64 |
OpenMPI 1.10 | GNU 4.8.5 | mpi/openmpi-x86_64 |
OpenMPI 3.0 | GNU 4.8.5 | mpi/openmpi3-x86_64 |
OpenMPI 3.1 | GNU 4.8.5 | mpi/openmpi31-x86_64 |
OpenMPI 4.1 | GNU 4.8.5 | mpi/openmpi41-x86_64 |
OpenMPI 1.10 | Intel 2019 | mpi/openmpi-intel-x86_64 |
OpenMPI 1.10 | Intel 2019, CUDA 10.0 | mpi/openmpi-intel-cuda-x86_64 |
OpenMPI 2.1 | Intel 2017 | openmpi21-intel-x86_64 |
OpenMPI 3.0 | Intel 2019 | mpi/openmpi3-intel-x86_64 |
OpenMPI 3.0 | Intel 2019, CUDA 10.0 | mpi/openmpi3-intel-cuda-x86_64 |
OpenMPI 3.1 | Intel 2019 | mpi/openmpi31-intel-x86_64 |
OpenMPI 4.1 | Intel 2019 | mpi/openmpi41-intel-x86_64 |
OpenMPI 3.1 | PGI Community Edition Version 19.10 | mpi/openmpi31-pgi-x86_64 |
Intel MPI 2021.5 | Intel MPI 2021 | oneAPI/intel-oneapi-mpi-2021.5.1 |
MVAPICH2
Primjer pokretanja aplikacije prevedene s MVAPICH2 2.2:
module load mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64 mpirun_rsh -np $NSLOTS -hostfile $TMPDIR/machines -export-all applikacija
OpenMPI
Primjer pokretanja aplikacije prevedene s OpenMPI 3:
module load mpi/openmpi3-intel-x86_64 mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines applikacija
Intel MPI
Primjer pokretanja aplikacije prevedene s Intel MPI:
module load oneAPI/intel-oneapi-mpi-2021.5.1 mpirun -np $NSLOTS -hosts applikacija
Korisničke aplikacije
Informacije o korisničkim aplikacijama koje održava Srce možete pronaći na stranicama:
- Abinit
- ABySS
- AIMAll
- Alphafold2
- Amber
- ASTRAL
- Bagel
- bcftools
- Beast
- Bedtools
- Bioconductor
- Bionano Solve
- Busco
- bwa-mem2
- CAMx
- CAP3
- CASTEP
- CD-HIT
- CDO
- CHARMM
- Clustal Omega
- Clustal W
- Conda
- Corset
- cp2k
- Critic2
- cutadapt
- Dalton
- Dask
- deepARG
- Detonate
- DFTB+
- DIAMOND
- DP_GP_Cluster
- eggNOG mapper
- eT
- EUKulele
- FaNDOM
- fARGene
- fastp
- FastQC
- fineSTRUCTURE
- g_mmpbsa
- GAMESS (US)
- GAP
- Gatk4
- Gaussian
- Geant4
- Goatools
- GPAW
- Grid2Op
- Gromacs
- Gromacs w/ cp2k
- HISAT2
- Horovod
- HTSeq
- HyPhy
- IGV
- Interproscan
- IQTree
- kgec
- LAMMPS
- Megalodon
- METABOLIC
- Microsoft .NET
- MIRA
- MITObim
- MitoZ
- MMseqs2
- Mothur
- MrBayes
- MultiQC
- Muscle
- NAMD
- NCBI BLAST+
- NOVOPlasty
- Nvidia NGC kontejneri
- NWChem
- OBITools
- OMSV
- OpenFOAM
- OpenQuake
- OPM
- ORCA
- OrthoFinder
- Pal2Nal
- PAML
- Parallelfold
- PHITS
- PHYLIP
- Picard
- Plink
- Plumed
- Python
- PyTorch
- Q6
- QIIME2
- Quantum Espresso
- Quantum Espresso GPU
- R
- Rapids
- RAxML
- Ray
- Rcorrector
- Repeat Tools
- RGI
- RSEM
- Salmon
- Sambamba
- Samtools
- SeqKit
- SHARC
- SIESTA
- SortMeRna
- SPAdes
- spatpg
- SPECFEM3D Cartesian
- Stacks
- STAR
- Structure_threader
- SUMO
- TensorFlow
- TOGA
- TransDecoder
- TransPi
- Transrate
- treemix
- TrimAl
- Trinity
- tRNAscan-SE
- USEARCH
- VCFtools
- Velvet
- VMD
- VSEARCH
- WRF
- XCrySDen
- XTB