Korištenje

Više o korištenju aplikacije možete pročitati na GitHub-u projekta.

VerzijaModul
4.0METABOLIC/4.0

Aplikacija nema mogućnost širenja na više čvorova te je obavezno korištenje paralelne okoline mpisingle.

Primjer SGE skripte za podnošenje posla
#!/bin/bash

#$ -N guaymas
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 5

module load METABOLIC/4.0

METABOLIC-G.pl -t ${NSLOTS} -in-gn Guaymas_Basin_genome_files -o output
  • -t predstavlja broj traženih procesorskih jezgara iz zaglavlja skripte
  • -in-gn predstavlja putanju do direktorija koji sadrži datoteke s genomima / sekvencama nukleotida (fasta datoteke)
  • -in predstavlja putanju do direktorija koji sadrži datoteke s proteinima / sekvencama aminokiselina (faa datoteke)
    • u primjeru gore, nalazi se u radnom direktoriju
  • -o predstavlja direktorij koji će se automatski kreirati te u koji će se pohranjivati izlazni podaci aplikacije
    • u primjeru gore, nalazi se u radnom direktoriju
  • No labels