Korištenje

Više o korištenju aplikacije možete pročitati na GitHub-u projekta.

Aplikacija nema mogućnost širenja na više čvorova te je obavezno korištenje paralelne okoline mpisingle.

#!/bin/bash

#$ -N guaymas
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 5

module load METABOLIC/4.0

METABOLIC-G.pl -t ${NSLOTS} -in-gn Guaymas_Basin_genome_files -o output

• -t predstavlja broj traženih procesorskih jezgara iz zaglavlja skripte
• -in-gn predstavlja putanju do direktorija koji sadrži datoteke s genomima / sekvencama nukleotida (fasta datoteke)
• -in predstavlja putanju do direktorija koji sadrži datoteke s proteinima / sekvencama aminokiselina (faa datoteke)
  • u primjeru gore, nalazi se u radnom direktoriju
• -o predstavlja direktorij koji će se automatski kreirati te u koji će se pohranjivati izlazni podaci aplikacije
  • u primjeru gore, nalazi se u radnom direktoriju