Korištenje
Dostupne verzije su:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 4.0.1.2 | orca/4.0.1.2 |
| 4.1.2 | orca/4.1.2 |
| 4.2.0 | orca/4.2.0 |
| 5.0.0 | orca/5.0.0 |
| 5.0.2 | orca/5.0.2 |
| 5.0.3 | orca/5.0.3 |
| 5.0.4 | orca/5.0.4 |
Primjer korištenja:
#!/bin/sh #$ -N orca-teran #$ -q p28.q #$ -pe *mpi 14 #$ -cwd # load program environment module load orca/4.0.1.2 # run the program run-orca-isabella.sh job.inp
Važno
U %PAL sekciji ulazne datoteke job.inp kojom se kontrolira izvođenje paralelnih poslova, "nproc xx" parametar mora odgovarati zatraženom broju slotova/CPU jezgara.
Ako se primjerice zatražilo 14 slotova (#$ -pe *mpi 14), tada se isto mora navesti u ulaznoj datoteci:
%PAL nproc 14 end
Za zahtjevnije simulacije poželjno je definirati %MaxCore sekciju ulazne datoteke i to tako da odgovara otprilike 75% zatražene memorije u poslu.
Ako se zatraži 20 GB radne memorije po jezgri (#$ -l memory=20), tada se isto može navesti umanjeno za otprilike 25% u ulaznoj datoteci:
%maxcore 15000
Napomena: vrijednost (#$ -l memory=20) navedena je u GB, a (%maxcore 15000) u MB.
Također, ulazna datoteka job.inp ne bi smjela sadržavati razmake (whitespace) u svom imenu.
Po završetku posla, datoteke *.gbw, *.xyz te *.trj koje je aplikacija generirala/koristila u izvršavanju posla će se spremiti u direktorij iz kojeg je posao pokrenut.
Verzija 4.2.0 sprema sve datoteke koje je aplikacija generirala/koristila kod izvršavanja posla u direktorij iz kojeg je posao pokrenut.
Instalacija
Aplikacija ORCA preuzeta je s https://cec.mpg.de/orcadownload/index.php .
Aplikacija se distribuira u izvršnom obliku te se u verziji 4.0.1.2 oslanja na OpenMPI 2.0.2, u verziji 4.1.2 i 4.2.0 na OpenMPI 3.1.3, a u verziji 5.0.0, 5.0.2 i 5.0.3 na OpenMPI 4.1.1.