Gromacs w/ cp2k

GROMACS u ovoj izvedbi koristi prethodno kompajliran libcp2k.a CP2K library te iste FFT, BLAS i LAPACK library-je koje je CP2K koristio prilikom kompajliranja. Integracija GROMACS-a i CP2K-a omogućuje dodatnu funkcionalnost GROMACS-a.

GROMACS u svojoj dokumentaciji navodi da je zapis broja s dvostrukom preciznosti (double-precision floating-point format) preporučen za QM/MM simulacije. Nadalje, uzevši u obzir da CP2K FFT library koristi double-precision format, GROMACS je dostupan isključivo kao double-precision verzija. To također ograničava dostupnost GROMACS-a samo na CPU verziju, obzirom da je uvjet GPU (CUDA) verzije single-precision, odnosno mixed-precision build GROMACS-a. 

Primjeri korištenja

Za pokretanje primjera niže, potrebno je preuzeti datoteku topol.tpr te ju postaviti u isti direktorij sa SGE skriptom.

Korištenje paralelne okoline mpi:

#!/bin/bash

#$ -N gmx_cp2k
#$ -cwd
#$ -pe *mpi 20

# Učitavanje modula:
module load gromacs-cp2k/2022-9.1.0

# Pokretanje posla:
mpirun -np ${NSLOTS} --machinefile ${TMPDIR}/machines gmx_cp2k mdrun -ntomp 1 -pin on -v -s topol.tpr

Korištenje paralelne okoline mpisingle:

#!/bin/bash

#$ -N gmx_cp2k
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 8

# Učitavanje modula:
module load gromacs-cp2k/2022-9.1.0

# Pokretanje posla:
gmx_cp2k mdrun -ntomp ${NSLOTS} -pin on -v -s topol.tpr