https://github.com/davidemms/OrthoFinder

Dostupne verzije:

VerzijaModul
2.3.8bioinfo/OrthoFinder/2.3.8
2.3.12

bioinfo/OrthoFinder/2.3.12

2.5.4

bioinfo/OrthoFinder/2.5.4

Primjer korištenja

Prilikom pokretanja poslova potrebno je staviti opciju "-t $NSLOTS" kako bi se aplikacija širila prema zatraženom broju CPU jezgara/slotova.

#!/bin/bash
#$ -N test
#$ -pe mpisingle 8
#$ -cwd

module load bioinfo/OrthoFinder/2.5.4

orthofinder -h


Testni primjer aplikacije.

OrthoFinder.sge
#!/bin/bash
#$ -N test
#$ -pe mpisingle 8
#$ -cwd

module load bioinfo/OrthoFinder/2.3.8
orthofinder -t $NSLOTS -f /apps/bioinfo/OrthoFinder/2.3.8/ExampleData/ -o $PWD/test -S diamond


qsub OrthoFinder.sge

Važno

Nužno je koristiti paralelne okoline *mpisingle jer je aplikacija paralelizirana dijeljenjem memorije (shared memory parallel model)

Parametri instalacije aplikacije

Aplikacija je preuzeta i otpakirana:

wget https://github.com/davidemms/OrthoFinder/releases/download/2.3.8/OrthoFinder_glibc-2.15.tar.gz
tar -xvf OrthoFinder_glibc-2.15.tar.gz

Verzija 2.5.4:

source /apps/miniforge3/bin/activate
mamba create -p /apps/virtenv/orthofinder/2.5.4 python=3.8 orthofinder=2.5.4 -c bioconda
  • No labels