Na računalnom klasteru dostupan je set alata GATK4 verzija 4.2.6.1
Popis dostupnih alata za ovu verziju dostupan je na službenim stranicama.
Korištenje
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 4.2.6 | bioinfo/gatk4/4.2.6 |
Primjer korištenja
indeksiranje.sge
#!/bin/bash #$ -N testni_posao #$ -cwd #$ -q a12.q 1 module load bioinfo/gatk4/4.2.6 gatk --java-options "-Xmx8G" HaplotypeCaller -R reference.fasta -I input.bam -O output.vcf
S obzirom da veliki broj alata nema mogućnost kontrole broja jezgara koji se koristi, poslovi se šalju kao serijski.
Napomena za više dretvene poslove
Kod korištenja alata koji imaju mogućnost korištenja više dretvi ili više jezgara obavezno je korištenje mpisingle okoline s obzirom da gatk4 nema mogućnost širenja van jednog radnog čvora. Također, bitno je navoditi da se koristi jednak broj jezgara koji je i tražen u skripti za podnošenje poslova.