Uvod i verzije
Aplikacija CASTEP se koristi u kemiji i inženjerstvu materijala za izračun svojstva/strukture materijala na temelju njihovih kvantno-mehaničkih opisa. Više o CASTEP-u možete pročitati na službenim stranicama.
Na računalnom klasteru Isabella, CASTEP (21.11) je pripremljen, odnosno preveden u dvije verzije; jedna verzija za arhitekturu NX čvorova te druga verzija za arhitekturu SL čvorova.
Također, svaka od spomenutih verzija ima paralelnu (MPI) verziju te serijsku verziju, budući da neki CASTEP-ovi alati za pred- i postprocesuiranje nisu paralelizirani.
Modul koji doprema CASTEP u vašu okolinu definiran je u tablici niže:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 21.11 | castep/21.11 |
Više o redovima poslova te tehničkim karakteristikama čvorova možete pročitati na službenim wiki stranicama računalnog klastera Isabella:
U nastavku slijede primjeri korištenja aplikacije s pripadajućim skriptama, na konkretnim primjerima.
Primjeri korištenja
MPI verzija
U primjeru niže, definirana je paralelna okolina *mpi te 4 procesorske jezgre.
U liniji za poziv aplikacije, ${NSLOTS} predstavlja broj jezgri na kojima će se posao izvršavati (definiran u zaglavlju skripte), dok je quartz osnovno ime input datoteka, bez ekstenzija.
Ulazni, tj. input podaci mogu se preuzeti u tarball obliku, direktno sa službenih stranica CASTEP-a.
#!/bin/bash
#$ -N castep.mpi
#$ -cwd
#$ -pe *mpi 4
# Load the required module:
module load castep/21.11
# Run the program:
mpirun -n ${NSLOTS} castep.mpi quartz
Nakon završetka izvođenja, rezultat izračuna nalazi se u datoteci quartz.castep.
Serijska verzija
Kako je već objašnjeno ranije, neki CASTEP-ovi alati za pred- i postprocesuiranje nisu paralelizirani te zbog toga modul u Vašu okolinu postavlja serijsku te MPI verziju.
Rad serijske verzije možete testirati s ulaznim podacima dostupnih s CASTEP stranica.
Analogno kao i u prethodnom primjeru, posao možete podnijeti na način kako je prikazano niže. U liniji za poziv aplikacije, Si2 je osnovno ime input datoteka, bez ekstenzija.
#!/bin/bash #$ -N castep.serial #$ -cwd # Load the required module: module load castep/21.11 # Run the program: castep.serial Si2
Rezultat izračuna nalazi se u datoteci Si2.castep.