Korištenje
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 2.3.3 | bioinfo/megalodon/2.3.3 |
Primjer skripte za opis poslova:
megalodon.sge
#$ -N male_pupae_2 #$ -pe gpusingle 1 #$ -l cores=8 #$ -cwd module load bioinfo/megalodon/2.3.3 GPUDEVICE=$(cat $TMPDIR/gpu) megalodon fast5_male_pupae_head \ --outputs basecalls mappings mod_mappings mods \ --reference 30k_polished3.fasta \ --mod-map-emulate-bisulfite \ --mod-map-base-conv C T \ --mod-map-base-conv Z C \ --mod-binary-threshold 0.6 \ --guppy-params "-d ./rerio/basecall_models/ --num_callers 8" \ --guppy-config res_dna_r941_min_modbases-all-context_v001.cfg \ --devices $GPUDEVICE --processes 8 \ --overwrite \ --output-directory male_pupae_head_methylated
Važno
Aplikacija Megalodon se oslanja na Guppy basecaller koji radi isključivo s GPU procesorima. Također se oslanja na klasične procesore za paralelno učitavanje podataka pa je potrebno zadavati atribut
cores . Sam broj zatraženih CPU jezgara se onda mora ispravno navoditi u num_callers i procesess parametrima aplikaciji - u primjeru je to 8.Napomena
Aplikacija je instalirana i konfigurirana u Python virtualnom okruženju kojeg korisnik može proširiti sa svojim proizvoljnim Python aplikacijama. Nakon učitavanja modula, korisnik dodatne aplikacije instalira s:
pip3 install --prefix $LOCALPKGS potrebni-python-pkg
Instalacija
Preduvjet za instalaciju aplikacije Megalodon jest Guppy basecaller. Potrebni CentOS RPM paket se nalazi na: https://community.nanoporetech.com/downloads . Aplikacija se također povezuje na ZeroMQ biblioteku koja je instalirana iz Software collections repozitorija dodatnih paketa sustava CentOS 7. Sama aplikacija Megalodon se distribuira kroz Python paketni sustav PyPI. Na klasteru je instaliran u zasebnom Python virtual okruženju.
Naredbe instalacije
yum localinstall -y ont-guppy-5.0.11-1.el7.x86_64.rpm python3 -m venv /apps/virtenv/megalodon2.3.3 source /apps/virtenv/megalodon2.3.3/activate pip3 install -U pip pip3 install numpy pip3 install ont-pyguppy-client-lib==5.0.11 pip3 install megalodon==2.3.3