GAMESS (General Atomic and Molecular Electronic Structure System) je ab initio kvantno-kemijska aplikacija opće namjene te posjeduje za to uobičajene QM/MM metode poput HF, DFT, GVB, MCSCF i dr. Omogućuje i izračun pobuđenih stanja koristeći TD-DFT, CI i EOM procedure. Input datoteke mogu biti generirane pomoću programa Avogadro, a output datoteke vizualizirane MacMolplt programom.

Na računalnom klasteru Isabella, GAMESS je preveden korištenjem Intelovog Fortran kompajlera te koristi MVAPICH2 MPI knjižnice. GAMESS se pokreće putem prilagođene skripte rungms.mpi, koja koristi SGE varijable iz okoline korisnika. Također, spomenuta skripta ima ugrađen MPI pokretač tako da je prilikom pozivanja nužno definirati samo input datoteku. Osim toga, ova skripta definira varijable potrebne za uspješan source iduće u nizu skripte gms-files.csh, koja je nužna za uspješno pokretanje konačne izvršne GAMESS datoteke, odnosno gamess.2022.2.x.

Zbog načina kako je GAMESS osmišljen da funkcionira u paralelnom načinu rada, nužno je da na svakom od više čvorova ima jednak i paran broj MPI-procesa. Kako sustav za upravljanje poslovima SGE ne posjeduje mogućnost definiranja broja čvorova i CPU-jezgri po čvoru, GAMESS je sigurno pokretati u *mpisingle paralelnoj okolini.

Moduli

Moduli koji dopremaju GAMESS u Vašu okolinu definirani su u tablici niže:

Primjer korištenja

Ulazne tj. input podatke s primjerima možete preuzeti u zip datoteci.

Primjer serijskog izvođenja

#$ -N gamess
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 4

module load gamess/2022.2

rungms.mpi exam01.inp