Korištenje

Dostupne verzije i pripadajući moduli:

VerzijaModul
1.9bioinfo/Samtools/1.9
1.15.1bioinfo/Samtools/1.15.1

Primjer skripte za opis poslova:

samtools.sge
#!/bin/bash
#$  -N samtools_threading
#$  -cwd
#$  -pe *mpisingle 4
 
module load bioinfo/Samtools/1.15.1  
 
samtools sort -@ $NSLOTS P3TLH.bam

Važno

Ako se radi s velikim datotekama SAM ili BAM,  poželjno je koristiti *mpisingle  i odrediti veći broj jezgri. Ovisno o alatu u samtools-ima većina ima opciju -@ za određivanje threadova. Broj threadova mora odgovarati broju traženih jezgri, u gornjem primjeru definirano varijablom $NSLOTS

Instalacija

Preduvjet za instalaciju je biblioteka htslib.

  • Compile je izveden sa intel/2020
Instalacija samtools-a
module load intel/2020
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.15.1/samtools-1.15.1.tar.bz2
bzip2 samtools-1.15.1.tar.bz2
tar -xvf samtools-1.15.1.tar
cd samtools-1.15.1
./configure CC=cc prefix=/home/mhrzenja/ni4os/samtools/1.15.1 --with-htslib=/apps/bioinfo/htslib/1.15.1/
make
make install
  • No labels