Corset

Korištenje

Aplikacija Corset nema opciju paralelnog računanja tako da je korištenje ograničeno na serijske poslove.

#! /bin/bash
#$ -N corset_test
#$ -cwd

module load bioinfo/Corset/1.07

corset *.bam

Iako je aplikacija ograničena na serijske poslove, postoji mogućnost ubrzanja proračuna pokretanjem više serijskih poslova (ukoliko postoji više od jedne ulazne datoteke). Svaki od poslova pokrećemo sa jednom ulaznom datotekom i zatim grupiramo rezultate sa novim poslom. Moguće je koristiti opciju polja poslova u SGE-u kako bi se svi poslovi (osim grupiranja) pokrenuli sa jednom skriptom. Ulazne datoteke u tom slučaju moraju imati odgovarajući naziv (numerirane datoteke npr.: test_1.bam, test_2.bam, test_3.bam).

#! /bin/bash
#$ -N corset_test
#$ -cwd
#$ -t 1:3

module load bioinfo/Corset/1.07

input="*_${SGE_TASK_ID}.bam"

corset $input -r true-stop

#! /bin/bash
#$ -N corset_cluster_test
#$ -cwd

module load bioinfo/Corset/1.07

corset -i corset *.corset-reads

Instalacija

mamba create -p /apps/bioinfo/Corset/1.07 python=3.8 corset=1.07 -c bioconda