Verzija | Modul |
---|---|
1.07 | module load bioinfo/Corset/1.07 |
Aplikacija Corset nema opciju paralelnog računanja tako da je korištenje ograničeno na serijske poslove.
#! /bin/bash #$ -N corset_test #$ -cwd module load bioinfo/Corset/1.07 corset *.bam |
Iako je aplikacija ograničena na serijske poslove, postoji mogućnost ubrzanja proračuna pokretanjem više serijskih poslova (ukoliko postoji više od jedne ulazne datoteke). Svaki od poslova pokrećemo sa jednom ulaznom datotekom i zatim grupiramo rezultate sa novim poslom. Moguće je koristiti opciju polja poslova u SGE-u kako bi se svi poslovi (osim grupiranja) pokrenuli sa jednom skriptom. Ulazne datoteke u tom slučaju moraju imati odgovarajući naziv (numerirane datoteke npr.: test_1.bam, test_2.bam, test_3.bam).
#! /bin/bash #$ -N corset_test #$ -cwd #$ -t 1:3 module load bioinfo/Corset/1.07 input="*_${SGE_TASK_ID}.bam" corset $input -r true-stop |
#! /bin/bash #$ -N corset_cluster_test #$ -cwd module load bioinfo/Corset/1.07 corset -i corset *.corset-reads |
mamba create -p /apps/bioinfo/Corset/1.07 python=3.8 corset=1.07 -c bioconda |