Korištenje:

Dostupne verzije i moduli

VerzijeModule
RepeatModeler2   2.0.4
RepeatMasker      4.1.5
RepeatExplorer2  2.3.8		bioinfo/RepeatTools/repeat_env

Primjeri aplikacija:

Testni podaci: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/taxonomy/9785/

RepeatModeler2
#!/bin/bash

#$ -N modeler
#$ -pe *mpisingle 20
#$ -cwd

module load bioinfo/RepeatTools/repeat_env

#Prije pokretanja potrebno je kreirati bazu
BuildDatabase -name elephant GCF_000001905.1_Loxafr3.0_genomic.fna

RepeatModeler -database elephant -threads $NSLOTS -LTRStruct
RepeatMasker
#!/bin/bash

#$ -N masker
#$ -pe *mpisingle 20
#$ -cwd

module load bioinfo/RepeatTools/repeat_env

RepeatMasker --species Loxodonta_africana GCF_000001905.1_Loxafr3.0_genomic.fna -pa $NSLOTS
RepeatExplorer2
#!/bin/bash

#$ -N explorer
#$ -pe *mpisingle 20
#$ -cwd
#$ -l memory=2

module load bioinfo/RepeatTools/repeat_env

seqclust -c $NSLOTS -r 41943040 GCF_000001905.1_Loxafr3.0_genomic.fna

RepeatExplorer memorija

Repeat explorer koristi cijelu dostupnu memoriju po zadanim postavkama. Potrebno je odrediti broj maksimalne količine memorije u kB, u primjeru smo odredili 20(CPU) * 2 GB RAM-a = 40 GB ili  41943040 kB.


  • No labels