AIMAll je računalno-kemijski softver (zatvorenog koda) za izvođenje kvantitativnih i vizualnih QTAIM analiza molekulskih sustava (Quantum Theory of Atoms In Molecules), polazeći od podataka molekulskih valnih funkcija.

AIMAll je dostupan u standardnoj (besplatnoj) verziji te u profesionalnoj (s plaćenom licencom). Standardna verzija, kakva je trenutno dostupna na računalnom klasteru Isabella, nameće ograničenje na veličinu molekulske valne funkcije koja se koristi za izvođenje paralelnih poslova na dijeljenoj memoriji (*mpisingle) te za generiranje podatkovnih datoteka za vizualizaciju (*.*viz). Ovo ograničenje iznosi 12 atoma i 400 primitivnih osnovnih funkcija.

Moduli

Moduli koji dopremaju AIMAll u vašu okolinu definirani su u tablici niže:

VerzijaModul
19.10.12aimall/19.10.12

Primjer korištenja

AIMQB je "pokretačka" aplikacija za postavljanje i pokretanje većine QTAIM izračuna s AIMAll-om. AIMQB automatski pokreće punu QTAIM numeričku analizu jedne ili više molekulskih valnih funkcija s različitim opcijama, pomoću programa AIMExt, AIMInt i AIMSum. Rezultati iz ovih programa sažeti su u tekstualnim .sum datotekama. Aplikacija AIMQB se može u potpunosti postaviti i/ili pokrenuti s bilo kojim opcijama iz komandno-linijskog načina rada.

Prilikom pozivanja aplikacije, nužno je koristiti opciju: -nogui

Za dodatnu pomoć oko parametara/postavki za pozivanje, pokrenite: aimqb.ish -nogui -help

Ulazne tj. input podatke za primjere možete preuzeti u test.zip.

Primjer paralelnog izvođenja

run.sge
#!/bin/bash

#$ -N aimall
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 4

module load aimall/19.10.12

aimqb.ish -nogui -nproc=${NSLOTS} oxirane.wfn
  • No labels