VerzijaModul
1.2.4bioinfo/ClustalOmega/1.2.4

Korištenje

Primjeri su preuzeti s: http://www.clustal.org/omega/homfam-20110613-25.tar.gz

Napomena

Program Clustal Omega zadano uzima sve dostupne procesore, stoga je potrebno ograničit sa opcijom --thread pri korištenju.


simple align
#!/bin/bash
#$ -N ClustalO-test
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 8

module load bioinfo/ClustalOmega/1.2.4

clustalo -i bench/tms_test-only.vie -o tms_test-only.a2m -v --threads $NSLOTS


Instalacija

Instalacija je provedena sa prevodiocem: intel/2020

Prije same instalacije instaliran je argtable-devel.x86-x64


Instalacija
wget https://github.com/GSLBiotech/clustal-omega/archive/refs/tags/1.2.4-cmake.tar.gz
tar -xvf 1.2.4-cmake.tar.gz
cd clustal-omega-1.2.4-cmake
mkdir build
module load intel/2020
export PATH=$PATH:/usr/include:/usr/lib64 #Putanje do potrebnih knjižnica za argtable2
./configure CC=icc CXX=icpc --prefix=$HOME/clust/1.2.4-cmake/build
make
make install
  • No labels