Preduvjet za instalaciju jest instalacija biblioteke Beagle s kojom aplikacija ima bitno bolje performanse. Instalacija biblioteke je izvršena s kompajlerom Intel 2019:

wget -c https://github.com/beagle-dev/beagle-lib/archive/v3.0.2.zip
module load intel/2019
CC=icc CXX=icpc FC=ifort F90=ifort ./configure --prefix=/apps/beagle302
make && make install

Dostupne verzije su:

VerzijaModul
1.8.4beast/1.8.4
1.10.2beast/1.10.2
1.10.4beast/1.10.4
2.4.8beast/2.4.8

2.5.1

beast/2.5.1

2.7.1

beast/2.7.1


Primjer korištenja:

beast-teran.sge
#!/bin/sh
#$ -N beast-teran
#$ -q a16.q
#$ -pe a16-mpisingle 8
#$ -cwd

# load program environment
module load beast/1.10.2

# run the program
beast -threads $NSLOTS $1

Važno

Nužno je koristiti paralelne okoline *mpisingle jer je aplikacija paralelizirana dijeljenjem memorije (shared memory parallel model)

Pripremljeni modulefile u varijablu okruženja LD_LIBRARY_PATH dodaje biblioteku Beagle koju će onda aplikacija Beast koristiti u izvršavanju.

Podnošenje posla
qsub beast-teran.sge input_datoteka
  • No labels