- Created by Ljiljana Jertec Musap, last modified on Apr 01, 2017
You are viewing an old version of this page. View the current version.
Compare with Current View Page History
« Previous Version 93 Next »
Ove upute služe za informiranje i pomoć uredništvima časopisa koji žele objavljivati radove na Hrčku u XML formatu.
Sadržaj uputa:
Journal Article Tag Suite
Journal Article Tag Suite je skup elemenata i atributa koji se koristi za opis znanstvene literature u XML formatu, a za potrebe objavljivanja u digitalnom obliku. Standard se razvio iz National Library of Medicine (NLM DTD) standarda za opis znanstvenih open access časopisa, kojeg je prihvatila i koristi za objavljivanje baza PubMed Central. JATS je razvila NISO (National Information Standards Organization) organizacija, a odobrio ga je institut American National Standards Institute (ANSI) 2015. godine (Z39.96-2015).
Za objavu na Hrčku koristi se Journal Publishing Tag Library v1.1 set elemenata. Sve informacije o shemi mogu se pronaći na službenim web stranicama.
Hrčak i XML
Objavljivanje članaka u XML formatu nova je mogućnost objavljivanja na Hrčku, uz dosadašnje upisivanje podataka te objavu PDF-a.
XML (eXtensible Markup Language) je format za označavanje, opisivanje i razmjenu podataka. To je proširiv i otvoren format koji je razumljiv računalnim programima, no dovoljno je intuitivan da bude razumljiv i ljudima.
XML se sastoji od oznaka (tag) i sadržaja tih oznaka. Oznaka se sastoji od elemenata i atributa.
- <element> počinje i završava istom oznakom </element>
- @atribut dodatno upotpunjava značenje elementa: <element type=”testni”>
- Prazan <element/> se može označiti kosom crtom
- Svaki otvoren element mora se zatvoriti.
- sofisticiranije pregledavanje i pretraživanje
- rudarenje sadržaja (content mining)
- brži dolazak do željenih članaka
- pretvorba XML formata u druge formate (HTML, ePUB, PDF)
- lakša razmjena podataka
Izrada članaka u XML formatu prema standardu JATS
Za potrebe izrade članaka u XML formatu prema standardu JATS dostupno je nekoliko komercijalnih alata, mogućnost outsourcing-a te mogućnost ručne izrade XML-a.
Alati
Alat | Vrsta alata | Kratak opis |
---|---|---|
eXtyles | Word add-in |
|
Xeditor | Online alat |
|
Oxygen XML Editor + JATSKIT framework Preporuka Hrčak tima | Samostalan alat |
|
Article Authoring Add-in | Word add-in |
|
Stilo Migrate Cloud | Konverzija u oblaku |
|
Stilo AuthorBridge | Online alat | Trial alata će biti u mogućnosti zatražiti u ožujku 2017.
|
Outsourcing
- Rogor Editing, Zagreb. Kontakt: Stjepan Marušić (stjepan.marusic@gmail.com)
- Allianze BPO International (http://www.allianzebpo.com/pubmed-conversion-services.php)
- Hi-Tech – Data Conversion Services (http://www.hitechbpo.com/data-conversion-services.php)
- Cenveo Publisher Services (http://www.cenveopublisherservices.com/conversion-services/)
- Eureka Science (http://eureka-science.com/xml.php)
Preporuke smjernica za Upute za autore
Neovisno o načinu izrade JATS XML-a, uredništvu se preporuča u Upute za autore integrirati smjernice za oblikovanje rada prilikom pisanja kako bi se kasnije iz postojećeg teksta što lakše kreirao XML.
U Upute za autore preporučujemo dodati:
- Osim u PDF-u, autor tekst uredništvu mora dostaviti u .doc/.docx formatu (Microsoft Word), pri čemu tekst mora biti napisan u jednom stupcu (bez obzira što je u konačnom PDF-u drugačije).
- Slike (fotografije, grafove, figure...) autori moraju dostavljati zasebno u izvornom formatu i visokoj rezoluciji (.tif, .png). Autor ne mora ubacivati sliku u tekst, nego je dovoljno naznačiti mjesto gdje će se slika nalaziti (navesti naziv slike).
- Svaka slika i tablica u tekstu mora imati svoj generički naziv (Tablica 1., Slika 1.) te svoj vlastiti naziv. Generički naziv treba sadržavati redni broj zapisan arapskim znamenkama po redu pojavljivanja u tekstu.
- Naziv slike i opis se smatraju sastavnim dijelom teksta, a ne slike, stoga se navode u tekstu, a ne na slici.
- Poželjno je da se tablice ne dostavljaju kao slike, nego se integriraju u tekst. Preporuča se oblikovati tablice što je jednostavnije moguće.
- Kontakt-autora (corresponding author) je potrebno zasebno izdvojiti i istaknuti. Poželjno je navoditi podatke o corresponding author-u u zaseban odlomak, a ne u fusnotu.
- Ako je rad financiran u projektu, podatke o projektu je potrebno zasebno izdvojiti i istaknuti. Poželjno je navoditi podatke o projektu u zaseban odlomak, a ne u fusnotu.
- Fusnote je potrebno izbjegavati i u tekstu.
- U Uputama za autore je poželjno precizno definirati način citiranja literature (npr: Prezime, Ime. (Godina). Naslov članka. Naslov časopisa Volumen, Broj, Početna-Završna stranica. URL.)
Dokument u XML formatu prema standardu JATS
Dokument u XML formatu prema standardu JATS se sastoji od deklaracije sheme i 3 razine.
Deklaracija (obavezno) | Napomena |
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD with MathML3 v1.1 20151215//EN " "https://jats.nlm.nih.gov/publishing/1.1/JATS-journalpublishing1.dtd"> <article article-type="research-article" xml:lang="en" dtd-version="1.1" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink"> |
|
Podaci o časopisu upisuju se u XML jednom i više ih nije potrebno mijenjati (osim ako se neki od navedenih podataka ne promijeni)
Podatak | Obaveznost polja | JATS XML element | Napomena | Objašnjenje elementa |
DOI
|
Obavezno | <journal-id journal-id-type="doi">DOI casopisa</journal-id> | U ovom primjeru identifikator časopisa je DOI, no može biti i neki drugi identifikator. U slučaju da se zapisuje drugi identifikator, potrebno je promijeniti vrijednost atributa journal-id-type. | https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/journal-id.html |
Naziv časopisa
|
Obavezno | <journal-title-group> <journal-title xml:lang="hr">Glavni stvarni naslov casopisa</journal-title> <journal-subtitle xml:lang="hr">Glavni stvarni podnaslov casopisa</journal-subtitle> <trans-title-group xml:lang="en"> <trans-title>Usporedni stvarni naslov casopisa</trans-title> <trans-subtitle>Usporedni stvarni podnaslov casopisa</trans-subtitle> </trans-title-group> <abbrev-journal-title>Skraceni naziv casopisa</abbrev-journal-title> </journal-title-group> |
Vrijednosti atributa xml:lang: U ovom primjeru je naveden zapis svih naslova časopisa koji se mogu zapisati u Hrčku. Obavezno je zapisati samo Glavni stvarni naslov, a zapisi ostalih naslova su opcionalni. |
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/journal-title-group.html |
ISSN / e-ISSN
|
Obavezno | <issn pub-type="ppub">ISSN</issn> <issn pub-type="epub">e-ISSN</issn> |
|
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/issn.html |
Podaci o izdavaču
|
Obavezno | <publisher> <publisher-name xml:lang="hr">Izdavac hr</publisher-name> <publisher-name xml:lang="en">Izdavac en</publisher-name> <publisher-loc>Adresa izdavaca <email>E-mail izdavaca</email> <ext-link xlink:href="webadresaizdavaca.com">webadresaizdavaca.com</ext-link> </publisher-loc> </publisher> |
Vrijednosti atributa xml:lang: |
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/publisher.html |
Podatak | Obaveznost polja | JATS XML element | Napomena | Objašnjenje elementa |
DOI članka
|
Obavezno, ako postoji | <article-id pub-id-type="doi">DOI clanka</article-id> | U ovom primjeru identifikator članka je DOI, no može biti i neki drugi identifikator. U slučaju da se zapisuje drugi identifikator, potrebno je promijeniti vrijednost atributa article-id-type. | https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/article-id.html |
Vrsta rada
|
Obavezno | <article-categories> <subj-group subj-group-type="heading" xml:lang="hr"> <subject>Vrsta rada</subject> </subj-group> <subj-group xml:lang="en" subj-group-type="heading"> <subject>Vrsta rada na engleskom</subject> </subj-group> </article-categories> |
Vrijednosti atributa xml:lang:
|
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/article-categories.html |
Naslov rada
|
Obavezno | <title-group> <article-title xml:lang="hr">Naslov clanka</article-title> <trans-title-group> <trans-title xml:lang="en">Naslov clanka na drugom jeziku</trans-title> </trans-title-group> </title-group> |
Vrijednosti atributa xml:lang: Naslov članka na drugom jeziku nije obavezno upisivati. |
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/title-group.html |
Podaci o autorima (uključujući afilijacije)
|
Obavezno | <contrib-group> <contrib contrib-type="author" corresp="yes"> <contrib-id contrib-id-type="orcid">ORCID</contrib-id> <name> <surname>Prezime autora (kontakt osoba)</surname> <given-names>Ime autora</given-names> </name> <xref ref-type="contrib" rid="cor1">*</xref> <xref ref-type="aff" rid="aff1">1</xref> </contrib> <aff> <institution xml:lang="hr">Afilijacija (naziv ustanove na hrvatskom)</institution> <institution xml:lang="en">Afilijacija (naziv ustanove na engleskom)</institution> <addr-line>Adresa ustanove</addr-line> </aff> </contrib-group> |
Atribut corresp="yes" dodaje se samo ako je autor ujedno i kontakt za dopisivanje. Za svakog autora je potrebno dodati element <contrib> i sve pod-elemente. |
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/contrib-group.html |
Podaci o autorima za dopisivanje |
Opcionalno | <author-notes> <corresp id="cor1"> <label>*</label> Kontakt autor (ime, prezime, institucija, adresa) <email xlink:href="email@email.com">Email autora</email> </corresp> </author-notes> |
Ovdje se upisuju podaci o načinima i osobama za dopisivanje. Primjerice, ovdje se navode podaci kako kontaktirati autora koji je prethodno označen kao corresp="yes"
|
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/author-notes.html |
Datum objave |
Obavezno | <pub-date> <day>DD</day> <month>MM</month> <year>YYYY</year> </pub-date> |
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/pub-date.html | |
Volumen |
Obavezno, ako postoji | <volume>Volumen/svezak</volume> | https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/volume.html | |
Broj |
Obavezno, ako postoji | <issue>Broj/svescic</issue> | https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/issue.html | |
Početna stranica |
Obavezno | <fpage>Pocetna stranica</fpage> | https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/fpage.html | |
Posljednja stranica |
Obavezno | <lpage>Posljednja stranica</lpage> | https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/lpage.html | |
Datum zaprimanja, prihvaćanja, recenzije |
Obavezno, ako postoje | <history> <date date-type="received"> <day>DD</day> <month>MM</month> <year>YYYY</year> </date> <date date-type="accepted"> <day>DD</day> <month>MM</month> <year>YYYY</year> </date> <date date-type="revised"> <day>DD</day> <month>MM</month> <year>YYYY</year> </date> </history> |
|
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/history.html |
Podatak o licenciji |
Obavezno | <permissions> <license license-type="open-access" xlink:href="URI licencije"> <license-p>Naziv licencije, npr. CC-BY</license-p> </license> <license license-type="open-access" xml:lang="hr"> <license-p>Uvjeti korištenja (tekst) na hrvatskom</license-p> </license> <license license-type="open-access" xml:lang="en"> <license-p>Uvjeti korištenja (tekst) na engleskom</license-p> </license> </permissions> |
Ako časopis ne objavljuje pod određenom CC licencijom, potrebno je izbaciti prvi element gdje se zapisuje podatak o CC licenciji. |
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/permissions.html |
Sažetak |
Obavezno | <abstract xml:lang="hr"> <p>Kratak sadrzaj</p> </abstract> <trans-abstract xml:lang="en"> <p>Kratak sadrzaj na drugom jeziku</p> </trans-abstract> |
Vrijednosti atributa xml:lang: |
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/abstract.html |
Ključne riječi |
Obavezno | <kwd-group xml:lang="hr"> <kwd>Kljucna rijec</kwd> </kwd-group> <kwd-group xml:lang="en"> <kwd>Kljucna rijec na drugom jeziku</kwd> </kwd-group> |
Vrijednosti atributa xml:lang: |
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/kwd-group.html |
Podaci o projektu |
Obavezno, ako je rad financiran u projektu | <funding-group> <funding-statement>Projekt</funding-statement> </funding-group> |
TO DO |
U elementu <body> unosi se cjelovit tekst rada.
- Cjelovit tekst rada se dijeli po odjeljcima/section (npr. intro, methods, results, discussion)
- Unutar odjeljaka tekst se dijeli na paragrafe
Podatak | Obaveznost polja | JATS XML element | Napomena | Objašnjenje elementa |
Cjeloviti tekst |
Obavezno | <body> <sec sec-type="intro"> <label>Uvod</label> <p>Tekst uvoda.</p> </sec> <sec sec-type="methods"> <label>Metode</label> <p>Metode korištene u izradi rada.</p> </sec> <sec sec-type="results"> <label>Rezultati</label> <p>Tekst rezultata</p> </sec> <sec sec-type="discussion"> <label>Rasprava</label> <p>Tekst</p> </sec> </body> |
Ovo je primjer jednostavnog cjelovitog teksta bez slika, tablica i referenci.
|
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/body.html |
- Tablice se unose kao skup elemenata koji definiraju izgled, položaj i sadržaj tablice
Podatak | JATS XML element | Napomena | Objašnjenje elementa |
Tablica | <p> <table-wrap position="float"> <label>Tablica 1</label> <caption><title>Ovo je duži naziv tablice</title> <p>Ovo je kratak opisni tekst uz tablicu</p> </caption> <table border="1" width="50%" frame="box"> <thead> <tr> <th rowspan="2" align="center" colspan="1" valign="middle">Zaglavlje1</th> <th colspan="2" align="center">Zaglavlje 2</th> </tr> <tr> <th align="center">Naslov 1</th> <th align="center">Naslov 2</th> </tr> </thead> <tbody> <tr> <td rowspan="2" valign="middle">Zajednički podatak</td> <td align="center">Prvi podatak</td> <td align="center">Drugi podatak</td> </tr> <tr> <td align="center">Treći podatak</td> <td align="center">Četvrti podatak</td> </tr> </tbody> </table> </table-wrap> </p> |
Ovo je primjer jednostavne tablice sa četiri reda. |
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/table-wrap.html |
- Slike, grafike, fotografije, figure se u XML-u navode na način da se navede poveznica na njih (zato je potrebno dostaviti ih odvojeno od teksta)
Podatak | JATS XML element | Napomena | Objašnjenje elementa |
Slika (image) | <p> <graphic xlink:href="http://graphicslearning.com/content/uploads/edd/gl-flower-01.png"/> </p> | Ova linija XML-a prikazat će sliku koja se nalazi na navedenoj adresi na web-u. U člancima se kao vrijednost atributa xlink:href navodi ime slike koja se dostavlja zasebno.
Za prikaz slike koja je dostupna s računala u atribut xlink:href je potrebno napisati naziv te slike |
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/graphic.html |
- Formule i jednadžbe se unose u programskom jeziku LaTeX
Podatak | JATS XML element | Napomena | Objašnjenje elementa |
TO DO | TO DO | TO DO | TO DO |
- Liste (popis definicija, popis pojmova po numeraciji, bullet liste...) se unose kao skup elemenata koji definiraju vrstu liste, izgled i sadržaj liste
Podatak | JATS XML element | Napomena | Objašnjenje elementa |
Lista | Jednostavna lista s definicijama <p> <list> <label>Lista 1</label> <title>Lista s definicijama</title> <list-item> <def-list> <term-head>Pojam definicije</term-head> <def-head>Definicija</def-head> <def-item> <term>Vrijednost</term> <def> <p>Pojašnjenje vrijednosti</p> </def> </def-item> </def-list> </list-item> </list> </p>
<p> <list list-type="bullet"> <label>Lista 2</label> <title>Bullet lista</title> <list-item> <p>Prvi bullet</p> </list-item> <list-item> <p>Drugi bullet</p> </list-item> </list> </p> | Vrijednosti atributa list-type:
| https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/list.html |
- Svaku referencu je potrebno zasebno označiti
Podatak | JATS XML element | Napomena | Objašnjenje elementa |
Reference | <body> <sec sec-type="other"> <label>Species</label> <p>There may be species specific differences in energy allocation and biomass gain in relation to activity.<xref ref-type="bibr" rid="r1">1</xref> </p> </sec> </body> <back> <ref id="r1"> <label>1</label> <mixed-citation publication-type="journal"> <name><surname>Khan</surname><given-names>J.R.</given-names></name>, <name><surname>Trembath</surname><given-names>C.</given-names></name>, <name><surname>Pether</surname><given-names>S.</given-names></name>, <name><surname>Bruce</surname><given-names>M.</given-names></name>. <article-title>Accommodating the cost of growth and swimming in fish</article-title>. <source>Frontiers in physiology</source>, <volume>5</volume>; <issue>448</issue>: <fpage>48</fpage>-<lpage>63</lpage>. <pub-id id="doi">10.3389/2014.00448</pub-id> </mixed-citation> </ref> |
|
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/xref.html |
- bibliografija, zahvale, dodaci
Podatak | Obaveznost polja | JATS XML element | Napomena | Objašnjenje elementa |
Bibliografija / popis literature | Obavezno | Članak <ref-list> <ref id="r1"> <label>1</label> <mixed-citation publication-type="journal"> <person-group person-group-type="author"> <name> <surname>Prezime</surname> <given-names>Ime</given-names> </name> </person-group> <date date-type="pub"> <year>Godina</year> </date>. <article-title>Naslov članka</article-title>. <source>Izvor (časopis)</source>, <volume>Volumen</volume>, <issue>Broj</issue> <fpage>Početna stranica</fpage>-<lpage>Posljednja stranica</lpage>. <pub-id id="doi">ID publikacije</pub-id> <ext-link ext-link-type="uri" xlink:href="URL"/> </mixed-citation> </ref> </ref-list> Knjiga <ref id="r2"> <label>2</label> <mixed-citation publication-type="book"> <person-group person-group-type="author"> <name> <surname>Prezime</surname> <given-names>Ime</given-names> </name> </person-group>. <source>Knjiga</source>. <publisher-loc>Mjesto izdavanja</publisher-loc>: <publisher-name>Izdavac</publisher-name>, <date date-type="pub"> <year>Godina</year> </date>. </mixed-citation> </ref> | Raspored elemenata zapisa nije propisan standardom; svaki časopis može odrediti vrstu podataka i raspored elemenata unutar bibliografskog zapisa prema standardu kojeg koristi!
|
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/ref-list.html |
Podatkovni set | Obavezno, ako postoji | Podatkovni set koji se koristi prilikom izrade rada citira se u popisu referenci kao i ostali izvori. Podatkovni setovi se citiraju unutar elementa <mixed-citation>, gdje se upisuju elementi reference koji u slučaju različitih podatkovnih setova mogu biti različiti te je na uredništvima da definiraju koje elemente će zapisivati. Preporučuje se zapisati što više elemenata o podatkovnom setu!
Zapis podatkovnog seta mora sadržavati sljedeće elemente:
Redoslijed elemenata ovisi o stilu citiranja koji se koristi u časopisu. ...
Primjer: <ref id="r3"> <label>3</label> <mixed-citation publication-type="data" publication-format="electronic"> <collab>Vlasnik/autor podataka</collab> <pub-id>Identifikator</pub-id> <data-title>Naslov podatkovnog seta</data-title> <date> <year>Godina</year> </date> <source>Izvor</source> <version>Verzija</version> <date-in-citation content-type="access-date"> <!-- Datum ažurirane verzije --> <year>Godina</year> </date-in-citation> <ext-link ext-link-type="uri">Vanjski link</ext-link> </mixed-citation> </ref> |
Element <mixed-citation> mora imati atribut publication-type="data" Ako su autori/vlasnici/održavatelji podatkovnog seta pojedinačne osobe, zapisuju se u element <person-group person-group-type="curator"> U element <version> može se dodati atribut designator uz kojeg se zapisuju brojčane vrijednosti verzije ili izdanja, npr: |
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/chapter/tag-cite-data.html |
Zahvala / Acknowledgement | Obavezno, ako postoje | <ack xml:lang="hr"> <title>Zahvale</title> <p>Tekst zahvale</p> </ack> |
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/ack.html | |
Dodaci / Appendix | Obavezno, ako postoje | <app-group > <app xml:lang="hr"> <title>Appendix</title> <p>Tekst appendixa</p> </app> </app-group> |
https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/app-group.html |
- No labels