https://github.com/davidemms/OrthoFinder
Dostupne verzije:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 2.3.8 | bioinfo/OrthoFinder/2.3.8 |
Primjer korištenja
Prilikom pokretanja poslova potrebno je staviti opciju "-t $NSLOTS" kako bi se aplikacija širila prema zatraženom broju CPU jezgara/slotova.
#!/bin/bash #$ -N test #$ -pe mpisingle 8 #$ -cwd module load bioinfo/OrthoFinder/2.3.8 orthofinder -h
Testni primjer aplikacije.
OrthoFinder.sge
#!/bin/bash #$ -N test #$ -pe mpisingle 8 #$ -cwd module load bioinfo/OrthoFinder/2.3.8 orthofinder -t $NSLOTS -f /apps/bioinfo/OrthoFinder/2.3.8/ExampleData/ -o $PWD/test -S diamond
qsub OrthoFinder.sge
Važno
Nužno je koristiti paralelne okoline *mpisingle jer je aplikacija paralelizirana dijeljenjem memorije (shared memory parallel model)
Parametri instalacije aplikacije
Aplikacija je preuzeta i otpakirana:
wget https://github.com/davidemms/OrthoFinder/releases/download/2.3.8/OrthoFinder_glibc-2.15.tar.gz tar -xvf rthoFinder_glibc-2.15.tar.gz