https://github.com/davidemms/OrthoFinder

Dostupne verzije:

VerzijaModul
2.3.8bioinfo/OrthoFinder/2.3.8

Primjer korištenja

Prilikom pokretanja poslova potrebno je staviti opciju "-t $NSLOTS" kako bi se aplikacija širila prema zatraženom broju CPU jezgara/slotova.

#!/bin/bash
#$ -N test
#$ -pe mpisingle 8
#$ -cwd

module load bioinfo/OrthoFinder/2.3.8

orthofinder -h


Testni primjer aplikacije.

#!/bin/bash
#$ -N test
#$ -pe mpisingle 8
#$ -cwd

module load bioinfo/OrthoFinder/2.3.8
orthofinder -t $NSLOTS -f /apps/bioinfo/OrthoFinder/2.3.8/ExampleData/ -o $PWD/test -S diamond




qsub OrthoFinder.sge


Nužno je koristiti paralelne okoline *mpisingle jer je aplikacija paralelizirana dijeljenjem memorije (shared memory parallel model)

Parametri instalacije aplikacije

Aplikacija je preuzeta i otpakirana:

wget https://github.com/davidemms/OrthoFinder/releases/download/2.3.8/OrthoFinder_glibc-2.15.tar.gz
tar -xvf rthoFinder_glibc-2.15.tar.gz