Izgled korisničkoga sučelja sličan je u cijelome sustavu. Naglasak je na središnjem dijelu sučelja koji se prikazuje u punom zaslonu, a ovisno o tome na kojoj se stranici korisnik nalazi (Moja naslovnica ili Moji e-kolegiji) s desne i lijeve strane sučelja može se prikazati dodatni sadržaj. Uz desni rub sučelja dostupan je stupac s blokovima, dok je unutar e-kolegija moguće uz lijevi rub sučelja otvoriti još i indeks sadržaja e-kolegija. U središnjem dijelu sučelja prikazan je sadržaj e-kolegija organiziran kroz teme ili tjedne.
Slika: Prikaz sučelja sustava Merlin
- Zaglavlje
- Traka s izbornicima
- Indeks sadržaja e-kolegija
- Navigacijska traka
- Stupac s blokovima
- Blok
- Središnji dio
Traka s izbornicima
Slika: Traka s izbornicima
Na traci s izbornicima smješteni su sljedeći izbornici:
- Naslovnica – poveznica omogućava povratak na naslovnu stranicu sustava.
- Moja naslovnica – na stranici se prikazuju blok Vremenska crta te Kalendar za tekući mjesec s evidentiranim aktivnostima.
- Moji e-kolegiji – na stranici se prikazuje blok Pregled e-kolegija koji sadrži popis e-kolegija u koje je korisnik upisan.
- Rad na sustavu
– sadrži poveznice na Helpdesk, zahtjev za otvaranje e-kolegija, priručnike i animacije, poveznice na tečajeve i radionice, arhivu e-kolegija itd. - Izbornik osobnog profila – sadrži poveznice za uređenje profila i postavki korisničkog računa, pristup ocjenama, osobnim datotekama itd.
Osim navedenih izbornika, na traci s izbornicima smještena je i ikona za pristup pretincu s porukama te ikona obavijesti.
Osobne datoteke
Osobne datoteke vidljive su samo vlasniku (nastavniku ili studentu), a prostor za pohranu osobnih datoteka ograničen je na 100 MB. Iznad prostora za pohranu osobnih datoteka prikazuje se poruka koja korisnika informira o trenutnom zauzeću prostora.
Slika: Sučelje za pohranu osobnih datoteka
Za uređivanje osobnih datoteka potrebno je odabrati poveznicu Osobne datoteke u padajućem izborniku profila u desnom gornjem kutu.
Slika: Sučelje za rad s datotekama
Kroz ovo sučelje moguće je postavljanje datoteka u sustav i pristup repozitorijima odabirom ikone 
(Dodaj datoteku), organiziranje datoteka u mape odabirom mogućnosti Izradi mapu te je moguće preuzeti sve osobne datoteke iz sustava (Preuzmi) u jednoj .zip datoteci.
Kada je uključen prikaz mape s detaljima o datotekama 
moguće je odabrati sve ili samo pojedine pohranjene datoteke te ih skupno izbrisati. Kod ostalih načina prikaza moguće je izbrisati pojedinačno odabranu datoteku.
U sustav Merlin korisnik može poslati datoteku kao privitak e-mailom i ona će biti spremljena u njegove osobne datoteke. E-mail adresu na koju je privitak potrebno poslati generira sustav Merlin, odabirom poveznice Osobne datoteke iz padajućeg izbornika profila.
Prilikom izrade nove e-mail poruke generirana e-mail adresa se kopira u polje primatelja te se datoteka postavlja kao privitak, a obavezno je upisati i naslov poruke.
Nakon slanja e-mail poruke u sustav Merlin, datoteka će biti prikazana odabirom poveznice Osobne datoteke iz padajućeg izbornika profila.
Ova e-mail adresa generirana u sustavu Merlin rabi se isključivo za postavljanje osobnih datoteka te nema nikakvih drugih funkcionalnosti e-mail adrese.
Navigacijska traka
Slika: Navigacijska traka
Navigacijska traka (breadcrumbs) prikazuje trenutačni položaj u sustavu te omogućuje jednostavnije kretanje po sustavu i lakše vraćanje na hijerarhijski više stranice.
NAPOMENA:
Ne preporuča se uporaba navigacijske dugmadi u internetskome pregledniku zbog promjenjivoga sadržaja stranica (npr. forum) već se preporuča uporaba navigacijske trake sustava Merlin.
Blokovi
Blokovi su moduli koji se koriste za organizaciju e-kolegija ili prikaz željenoga sadržaja. Stupac s blokovima 
otvara se uz desni rub sučelja. Na stranici Moja naslovnica blokove je moguće premjestiti u središnji dio sučelja. Na stranici Moji e-kolegiji, u bloku Pregled e-kolegija, nalazi se popis e-kolegija u koje je korisnik upisan. Upisane e-kolegije je moguće pretraživati (polje Pretraži), a dostupna su i tri izbornika putem kojih je moguće:
- sortirati e-kolegije prema odabranim kriterijima (svi, svi (osim skrivenih), u tijeku, buduće, prošlo, označeno zvjezdicom ili skriveno)
- sortirati prema zadnjem pristupu ili abecedno prema nazivu e-kolegija
- odabrati različiti prikaz e-kolegija (kartični prikaz, prikaz u obliku popisa ili s prikazom sažetka e-kolegija).