...
Primjeri
OpenMP (SMP)
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti sa 4 OpenMP threada. (SMP = shared-memory parallelism)
...
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash
#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=4
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/turbomole/7.7
export PARA_ARCH=SMP
export PARNODES=$OMP_NUM_THREADS
export PATH=$TURBODIR/bin/`sysname`:$PATH
export PERL_BADLANG=0
jobex -level scf -ri -c 50 -energy 6 -gcart 3 |
MPI
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 4 MPI procesa.
Primjer je identičan prethodno opisanom primjeru (izuzev tipa, odnosno razine paralelizacije).
| Warning |
|---|
PBS opcija:
nastoji postići da se svi MPI procesi (select vrijednosti, odnosno PBS chunkovi zadrže unutar istog čvora. |
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash
#PBS -q cpu
#PBS -l select=4
#PBS -l place=pack
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/turbomole/7.7
export PARA_ARCH=MPI
export PARNODES=$(wc -l ${PBS_NODEFILE})
export PATH=$TURBODIR/bin/`sysname`:$PATH
export PERL_BADLANG=0
export TURBOTMPDIR=$TMPDIR
jobex -level scf -ri -c 50 -energy 6 -gcart 3 |
...