Modulefiles
Na računalnim klasterima Supek i Padobran koristi se alat Modulefiles za podršku instalacije više različitih verzija istih programa. Za svaku verziju dostupnog programa pripremljen je modul u kojem je definirano koje varijable okoline se postavljaju prilikom aktivacije modula.
Osnovna naredba za rad s Modulefiles je module. Sve izmjene nad varijablama okoline odnose se isključivo za aktivnu sesiju, odnosno za pokrenuti posao. Stoga je module potrebno aktivirati kod svakog podnošenja posla.
Popis dostupnih modula može se dobiti naredbom:
module avail
Ili popis verzija za određenu aplikaciju:
module avail scientific/gromacs
Akiviranje modula, odnosno postavljanje potrebnih varijable okoline:
module load ime_modula
Izmjena aktivne verzije modula:
module switch ime_modula nova_verzija
Pregled svih aktivnih modula za koje je prethodno izvedena naredba load ili koji su učitani od strane drugog modula:
module list
Deaktivacija modula, odnosno uklanjanje varijabli okoline postavljenih od određenog modula:
module unload ime_modula
Deaktivacija svih modula:
module purge
Pregled akcija nad varijablama okoline koje određeni modul izvršava:
module show ime_modula
Svaki znanstveni softver koji je besplatan dostupan je akademskoj i znanstvenoj zajednici. Korisnici mogu zatražiti zahtjev za njegovu instalaciju putem kontakta computing@srce.hr
Aplikacije
- ABINIT
- adcirc
- Adze
- ALM
- Alphapulldown
- Amber
- Astral
- AutoDock Vina
- Avogadro
- BA3
- BAGEL
- bbtols
- bcftools
- Beast
- bedops
- bedtools
- Bionano Solve
- blobtools
- bowtie2
- BUSCO
- bwa-mem2
- CASTEP
- cd-hit
- cdo
- CENSO
- ClustalOmega
- Corset
- cp2k
- CREST
- cutadapt
- Dalton / LSDalton
- Dask
- deepARG
- DIAMOND
- Dorado
- DPR
- EggNOG-Mapper
- Elk
- EUKulele
- FaNDOM
- fastp
- FastQC
- GAMESS
- gatk4
- Gaussian
- Geant4
- Gemma
- gmx_MMPBSA
- Golem
- GPAW
- Grid2Op
- GROMACS
- GTDBTK
- haploADMIXTURE
- herro
- HISAT2
- hmmer
- HTSeq
- HYPHY
- IQmol
- iqtree
- jellyfish
- Mathematica
- MATLAB Parallel Server
- MCL
- METABOLIC
- metapop2
- MMseqs2
- MOKIT
- Molden
- MrBayes
- MultiQC
- Multiwfn
- Muscle
- NAMD
- NCBI-BLAST+
- ncview
- OpenFOAM
- OpenMolcas
- OpenQuake
- ORCA
- OrthoFinder
- Pal2nal
- PAML
- pgap
- PHITS
- Phonopy
- Pilgrim
- Plink
- popvae
- Prank
- PWgui
- PyTorch
- Q6
- Q-Chem
- QCxMS
- Qiime2
- qligfep
- Quantum ESPRESSO
- RAxML
- Ray
- RELION
- ROOT
- RSEM
- salmon
- Salvus
- Samtools
- seqkit
- seqtk
- SHARC
- SIESTA
- SortMeRNA
- sra-tools
- STACKS
- STAR
- Structure threader
- Tamarin Prover
- TensorFlow
- TeraChem
- TransDecoder
- Transrate
- trimAl
- Trimmomatic
- Trinity
- TURBOMOLE
- UMI-tools
- VESTA
- VMD
- WRF
- XCrySDen
- xTB