Opis
Programski paket Dalton sastoji se od dvije aplikacije; Dalton i LSDalton.
Dalton je znanstvena aplikacija koja se koristi za izvođenje kvantno-kemijskih računa, odnosno za računanje molekulskih svojstava i struktura, prije svega malih molekula. Aplikacija LSDalton je posebno usmjerena na proračune velikih molekulskih sustava.
Dalton je otvorenog koda, a podržava MPI paralelizaciju što znači da radi s raspodijeljenom memorijom te se, prilikom izvođenja na Supeku, može širiti van jednog računalnog čvora.
Verzije
Dalton
| Verzija | Modul | Prevodilac | Podrška | Paralelizacija | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2020.1 * | scientific/dalton/2020.1-gnu | GNU | CPU | MPI |
* Verzija je, po uzoru na onu s računalnog klastera Isabella, prevedena s drugačijim parametrima u header datotekama.
DALTON/include/rspprp.h MAXLBL = 30000 DALTON/include/infvar.h MAXWOP = 1500000 DALTON/include/maxorb.h MXSHEL = 8000 MXCORB = 7000 DALTON/include/aovec.h MXAOVC = 72 DALTON/include/pcmdef.h MXSP = 2000
LSDalton
| Verzija | Modul | Prevodilac | Podrška | Paralelizacija | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2020.0 | scientific/lsdalton/2020.0-gnu | GNU | CPU | MPI |
Službena dokumentacija
Primjeri
Napomene
Zbog aktualnog cray-pals buga na Supeku, trenutno je ograničen broj poslova koji se mogu širiti van čvora kad koriste Crayev mpiexec. Ako Vaš posao prijeđe taj limit i proširi svoje MPI procese na druge čvorove, prekinut će se.
Kako bi izbjegli taj bug, sigurnije je sve MPI procese smjestiti na isti čvor.
Najjednostavniji način je korištenjem opcije #PBS -l place=pack.
Aplikacija Dalton može maksimalno koristiti 16000 MB radne memorije, zadano kao argument opcije -mb.
Kako bi izbjegli prekide poslova, u zaglavlju zatražite nešto više memorije nego što će aplikacija koristiti, zbog mogućnosti povremenih prekoračenja.
U primjeru je zatraženo ukupno 16 chunk × 1300 MB/chunk = 20800 MB.
Paralelno izvođenje
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 16 MPI procesa, na 16 CPU jezgara.
#PBS -q cpu
#PBS -l select=16:mem=1300mb
#PBS -l place=pack
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load "scientific/dalton/2020.1-gnu"
export DALTON_TMPDIR=${TMPDIR}
export DALTON_LAUNCHER="mpiexec"
export JOB="input"
dalton -mb 16000 -nobackup ${JOB} ${JOB} ${JOB}