Opis
TURBOMOLE je računalno-kemijska aplikacija općenitog tipa koja nudi širok raspon metoda, uključujući HF, DFT, RI-RPA, MP2, CC2, CCSD i druge. Omogućava proračune elektronske strukture molekula i materijala, NMR parametara, energija aktivacije reakcije i drugih svojstava.
Može se koristiti za proračune malih organskih molekula, kompleksnih biomolekula, kao i za proračune u čvrstom stanju.
TURBOMOLE je zatvorenog koda, a može se paralelizirati na OpenMP ili MPI razini.
Verzije
verzija | modul | podrška | paralelizacija |
---|---|---|---|
7.7 | scientific/turbomole/7.7 | CPU | OpenMP, MPI |
Službena dokumentacija
Primjeri
OpenMP
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti sa 4 OpenMP threada. (SMP = shared-memory parallelism)
Za pripremu ulaznih podataka, odnosno input datoteka, korišten je programski paket TmoleX u demo verziji.
Niže je jednostavan primjer PBS skripte koja će koristiti 4 procesorske jezgre, odnosno 4 OpenMP threada, a provodi optimizaciju jednostavne organske molekule. Unutar GUI aplikacije TmoleX, učitane su koordinate molekule, a aplikacija je potom postavke simulacije (metoda, uvjeti... ) pohranila u control
datoteku.
Ključna riječ, odnosno TURBOMOLE naredba jobex
poziva se u direktoriju u kojem se nalaze ostale input datoteke.
Gotove ulazne podatke, s PBS skriptom za podnošenje, možete preuzeti u obliku zip arhive.
#!/bin/bash #PBS -q cpu #PBS -l ncpus=4 cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/turbomole/7.7 export PARA_ARCH=SMP export PARNODES=$OMP_NUM_THREADS export PATH=$TURBODIR/bin/`sysname`:$PATH export PERL_BADLANG=0 jobex -level scf -ri -c 50 -energy 6 -gcart 3