Opis

TURBOMOLE je računalno-kemijska aplikacija općenitog tipa koja nudi širok raspon metoda, uključujući HF, DFT, RI-RPA, MP2, CC2, CCSD i druge. Omogućava proračune elektronske strukture molekula i materijala, NMR parametara, energija aktivacije reakcije i drugih svojstava.

Može se koristiti za proračune malih organskih molekula, kompleksnih biomolekula, kao i za proračune u čvrstom stanju.

TURBOMOLE je zatvorenog koda, a može se paralelizirati na OpenMP ili MPI razini.

Verzije

verzijamodulpodrškaparalelizacijaSupekPadobran
7.7scientific/turbomole/7.7CPUOpenMP, MPI(tick) (error) 
7.7.1scientific/turbomole/7.7.1CPUOpenMP, MPI(tick) (error) 
7.8scientific/turbomole/7.8CPUOpenMP, MPI(tick) (error) 

Službena dokumentacija

Primjeri

Priprema ulaznih podataka - TmoleX

Za pripremu ulaznih podataka, odnosno input datoteka, korišten je programski paket TmoleX. 

Kako bi se TmoleX uspješno pokrenuo, potrebno je spojiti se na pristupni čvor uz prosljeđivanje X11.

U slučaju korištenja Linuxa ili macOS-a, koristite naredbu:

ssh -X -i ~/.ssh/id_rsa username@login-cpu.hpc.srce.hr

U slučaju korištenja Windowsa, potrebno je preuzeti aplikaciju Xming te je pokrenuti prije pokretanja PuTTY-ja.

Unutar PuTTY-ja, potrebno je uključiti X11 forwarding (Connection → SSH → X11, Enable X11 forwarding).

Aplikaciju je moguće pokrenuti na oba pristupna čvora učitavanjem modula turbomole u terminalu i pozivom aplikacije (TmoleX23).

Pokretanje aplikacije TmoleX
$ module load scientific/turbomole/7.7
$ TmoleX23

OpenMP (SMP)

Niže je jednostavan primjer PBS skripte koja će koristiti 4 procesorske jezgre, odnosno 4 OpenMP threada (SMP = shared-memory parallelism), a provodi optimizaciju jednostavne organske molekule. Unutar GUI aplikacije TmoleX, učitane su koordinate molekule, a aplikacija je potom postavke simulacije (metoda, uvjeti... ) pohranila u control datoteku.

Ključna riječ, odnosno TURBOMOLE naredba jobex poziva se u direktoriju u kojem se nalaze ostale input datoteke.

Gotove ulazne podatke, s PBS skriptom za podnošenje, možete preuzeti u obliku zip arhive.

PBS skripta
#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=4

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/turbomole/7.7

export PARA_ARCH=SMP
export PARNODES=$OMP_NUM_THREADS
export PATH=$TURBODIR/bin/`sysname`:$PATH
export PERL_BADLANG=0

jobex -level scf -ri -c 50 -energy 6 -gcart 3

MPI

U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 4 MPI procesa.

Primjer je identičan prethodno opisanom primjeru (izuzev tipa, odnosno razine paralelizacije).

PBS opcija:

#PBS -l place=pack

nastoji postići da se svi MPI procesi (select vrijednosti, odnosno PBS chunkovi zadrže unutar istog čvora.

PBS skripta
#PBS -q cpu
#PBS -l select=4
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/turbomole/7.7

export PARA_ARCH=MPI
export PARNODES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
export PATH=$TURBODIR/bin/`sysname`:$PATH
export PERL_BADLANG=0
export TURBOTMPDIR=$TMPDIR

jobex -level scf -ri -c 50 -energy 6 -gcart 3
  • No labels