Opis

TURBOMOLE je računalno-kemijska aplikacija općenitog tipa koja nudi širok raspon metoda, uključujući HF, DFT, RI-RPA, MP2, CC2, CCSD i druge. Omogućava proračune elektronske strukture molekula i materijala, NMR parametara, energija aktivacije reakcije i drugih svojstava.

Može se koristiti za proračune malih organskih molekula, kompleksnih biomolekula, kao i za proračune u čvrstom stanju.

TURBOMOLE je zatvorenog koda, a može se paralelizirati na OpenMP ili MPI razini.

Verzije

Službena dokumentacija

• TURBOMOLE priručnik

Primjeri

OpenMP (SMP)

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti sa 4 OpenMP threada. (SMP = shared-memory parallelism)

Niže je jednostavan primjer PBS skripte koja će koristiti 4 procesorske jezgre, odnosno 4 OpenMP threada, a provodi optimizaciju jednostavne organske molekule. Unutar GUI aplikacije TmoleX, učitane su koordinate molekule, a aplikacija je potom postavke simulacije (metoda, uvjeti... ) pohranila u control datoteku.

Ključna riječ, odnosno TURBOMOLE naredba jobex poziva se u direktoriju u kojem se nalaze ostale input datoteke.

Gotove ulazne podatke, s PBS skriptom za podnošenje, možete preuzeti u obliku zip arhive.

#!/bin/bash

#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=4

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/turbomole/7.7

export PARA_ARCH=SMP
export PARNODES=$OMP_NUM_THREADS
export PATH=$TURBODIR/bin/`sysname`:$PATH
export PERL_BADLANG=0

jobex -level scf -ri -c 50 -energy 6 -gcart 3

MPI

U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 4 MPI procesa.

Primjer je identičan prethodno opisanom primjeru (izuzev tipa, odnosno razine paralelizacije).

#!/bin/bash

#PBS -q cpu
#PBS -l select=4
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/turbomole/7.7

export PARA_ARCH=MPI
export PARNODES=$(wc -l ${PBS_NODEFILE})
export PATH=$TURBODIR/bin/`sysname`:$PATH
export PERL_BADLANG=0
export TURBOTMPDIR=$TMPDIR

jobex -level scf -ri -c 50 -energy 6 -gcart 3