Opis

Q-Chem je računalno-kemijska aplikacija općenitog tipa, a koristi se za proračune elektronske i molekularne strukture, svojstava, reaktivnosti i dr.

Zatvorenog je koda, a može se paralelizirati na OpenMP razini što znači da radi s dijeljenom memorijom te se ne može širiti van jednog računalnog čvora.

U verziji 6.0 uklonjena je podrška za MPI.

Verzije

VerzijaModulPodrškaParalelizacijaSupekPadobran
* 6.2.1scientific/q-chem/latestCPUOpenMPcheck mark button (error)
* Verzija Q-Chem-a na Supeku prati posljednju produkcijsku verziju.

Službena dokumentacija

Primjeri

Za pripremu ulaznih podataka, odnosno input datoteka, kao i udaljeno izvođenje može se koristiti i komplementarna aplikacija s grafičkim sučeljem, IQmol.

ChemSol_CH3O.in 
$comment
Example of the ChemSol calculation of the hydration free energy of CH3O-
HF/6-31G wavefunction, user-defined radius of 2.5 A for carbon
Results (kcal/mol):
ES    VdW  Hydrophob   dG_nld   dG_ild
ChemSol Run           -91.7   -1.9     0.3     -92.0    -93.4
ChemSol Run           -95.1   -1.9     0.3     -94.5    -96.8
ChemSol Run           -96.0   -1.9     0.3     -95.1    -97.7
ChemSol Run           -96.2   -1.9     0.3     -95.2    -97.8
ChemSol Converged     -96.2   -1.9     0.3     -95.3    -97.9
$end

$rem
method = hf
basis = 6-31g  Basis Set
scf_convergence = 6
solvent_method = chem_sol
integral_symmetry = on
$end

$molecule
-1 1
C        .0000    .0000   -.5274
O        .0000    .0000    .7831
H        .0000   1.0140  -1.0335
H        .8782   -.5070  -1.0335
H       -.8782   -.5070  -1.0335
$end

$chem_sol
readradii
$end

$van_der_waals
2
1 2.5
$end

Niže je jednostavan primjer PBS skripte koja će koristiti 4 procesorske jezgre, odnosno 4 OpenMP threada.

PBS skripta
#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=4

module load scientific/q-chem/latest

cd ${PBS_O_WORKDIR}

qchem -nt ${OMP_NUM_THREADS} ChemSol_CH3O.in
  • No labels