Opis

IQmol je računalno-kemijska aplikacija za vizualizaciju molekula, komplementarna aplikaciji Q-Chem.

Službena dokumentacija

Lokalna instalacija

Ako imate IQmol instaliran na Vašem računalu, možete koristiti njegovo grafičko sučelje i putem njega podnositi poslove na Supeku.

IQmol možete besplatno preuzeti za Vašu platformu s poveznice http://iqmol.org/downloads.html

Nakon podnošenja posla, IQmol provjerava stanje posla te po završetku nudi opciju spremanja podataka nazad na Vaše lokalno računalo.

Podešavanje udaljenog izvođenja

Iz alatne trake odaberite "Calculation" -> "Edit Servers". Kliknite gumb "+" ("Add new server")

  • "Connection": SSH
  • "Server Name": Supek
  • "Queue System": PBS
  • "Host Address": login-cpu.hpc.srce.hr
  • "Authentication": Public Key
  • "User Name": Vaše korisničko ime na Supeku
  • "Working Directory": Željeni polazišni radni direktorij, u punoj putanji (npr. Vaš home direktorij)

Kliknite na gumb "Configure SSH" te podesite putanje do "ssh datoteka" s Vašeg lokalnog računala, npr.:

  • "Known Hosts": \\wsl.localhost\Ubuntu-22.04\home\kmrkalj\.ssh\known_hosts
  • "Private Key": \\wsl.localhost\Ubuntu-22.04\home\kmrkalj\.ssh\id_rsa
  • "Public Key": \\wsl.localhost\Ubuntu-22.04\home\kmrkalj\.ssh\id_rsa.pub

Kliknite na gumb "Configure PBS" te podesite opcije za PBS. Polja "Submit", "Query", "Kill", "Job File List" i "Queue Info" možete ostaviti izvornima.

Polje "Run File Template" možete prilagoditi po želji, npr.:

#PBS -q ${QUEUE}
#PBS -l select=1:ncpus=${NCPUS}:mem=${MEMORY}Mb

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/q-chem

qchem -nt ${NCPUS} ${JOB_NAME}.inp

Udaljeno izvođenje

Postavke Q-Chem simulacije, odnosno input datoteke Vaše molekule/strukture (tip računa, metoda, algoritam... ) definirajte u poljima "Calculation" -> "Q-Chem Setup".

Ispod generirane input datoteke odaberite "Server": Supek te kliknute na gumb "Submit".

U sljedećem prozoru unesite ime radnog direktorija konkretnog posla (dotični će se kreirati), a idućem definirajte tražene resurse. Opciju "Scratch" možete zanemariti.

Odaberite "OK". Po završetku posla, dobit ćete opciju spremanja rezultata s klastera na računalo, odnosno u IQmol.

Stanje podnesenih poslova možete pratiti s "Calculation" -> "Job Monitor".

Supek

Verzije

VerzijaModulPodrškaSupekPadobran
2.14scientific/iqmol/2.14CPUcheck mark button check mark button 

Napomene

IQmol je potrebno koristiti isključivo za vizualizaciju.

Kako bi se aplikacija uspješno pokrenula, potrebno je spojiti se na pristupni čvor uz prosljeđivanje X11.

U slučaju korištenja Linuxa ili macOS-a, koristite naredbu:

ssh -X -i ~/.ssh/id_rsa username@login-cpu.hpc.srce.hr

U slučaju korištenja Windowsa, potrebno je preuzeti aplikaciju Xming te je pokrenuti prije pokretanja PuTTY-ja.

Unutar PuTTY-ja, potrebno je uključiti X11 forwarding (Connection → SSH → X11, Enable X11 forwarding).

Primjer korištenja

module load scientific/iqmol/2.14
iqmol azithromycin.xyz