Q-Chem je računalno-kemijska aplikacija općenitog tipa, a koristi se za proračune elektronske i molekularne strukture, svojstava, reaktivnosti i dr.
Zatvorenog je koda, a može se paralelizirati na OpenMP razini što znači da radi s dijeljenom memorijom te se ne može širiti van jednog računalnog čvora.
U verziji 6.0 uklonjena je podrška za MPI. |
Verzija | Modul | Podrška | Paralelizacija | Supek | Padobran |
---|---|---|---|---|---|
* 6.1.0 | scientific/q-chem/latest | CPU | OpenMP |
* Verzija Q-Chem-a na Supeku prati posljednju produkcijsku verziju. |
Za pripremu ulaznih podataka, odnosno input datoteka, kao i udaljeno izvođenje može se koristiti i komplementarna aplikacija s grafičkim sučeljem, IQmol.
$comment Example of the ChemSol calculation of the hydration free energy of CH3O- HF/6-31G wavefunction, user-defined radius of 2.5 A for carbon Results (kcal/mol): ES VdW Hydrophob dG_nld dG_ild ChemSol Run -91.7 -1.9 0.3 -92.0 -93.4 ChemSol Run -95.1 -1.9 0.3 -94.5 -96.8 ChemSol Run -96.0 -1.9 0.3 -95.1 -97.7 ChemSol Run -96.2 -1.9 0.3 -95.2 -97.8 ChemSol Converged -96.2 -1.9 0.3 -95.3 -97.9 $end $rem method = hf basis = 6-31g Basis Set scf_convergence = 6 solvent_method = chem_sol integral_symmetry = on $end $molecule -1 1 C .0000 .0000 -.5274 O .0000 .0000 .7831 H .0000 1.0140 -1.0335 H .8782 -.5070 -1.0335 H -.8782 -.5070 -1.0335 $end $chem_sol readradii $end $van_der_waals 2 1 2.5 $end |
Niže je jednostavan primjer PBS skripte koja će koristiti 4 procesorske jezgre, odnosno 4 OpenMP threada.
#PBS -q cpu #PBS -l ncpus=4 module load scientific/q-chem/latest cd ${PBS_O_WORKDIR} qchem -nt ${OMP_NUM_THREADS} ChemSol_CH3O.in |