Opis
Pilgrim je računalno-kemijska aplikacija napisana u Pythonu, osmišljena za izračunavanje konstanti brzine kemijskih reakcija i simulaciju mehanizama kemijske kinetike. Pilgrim radi u "suradnji" s drugim aplikacijama za izračun elektronske strukture, odnosno Gaussianom i ORCA-om.
Službena dokumentacija
Verzije
| Verzija | Modul | Podrška | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|---|
| 2021.5 |
| CPU |  |
Napomene
Aplikacija je prilagođena da radi s postojećim Gaussian (dog.mem) i ORCA (runorca.mpi) wrapperima na Supeku, stoga nije potrebno prethodno prilagođavati input datoteke traženim resursima.
Više o tome na pripadajućim stranicama:
Primjer korištenja
Gaussian
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=8:mem=16gb
#PBS -j oe
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load "scientific/pilgrim/2021.5"
pilgrim.py --gather
pilgrim.py --path --software gaussian
ORCA
#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:mem=2gb
#PBS -l place=pack
#PBS -j oe
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load "scientific/pilgrim/2021.5"
pilgrim.py --gather
pilgrim.py --path --software orca