Opis

Gaussian je komercijalna računalno-kemijska aplikacija općenitog tipa, širokog spektra primjena, s nizom metoda za kvantno-mehaničko modeliranje.

Može koristiti za modeliranje molekularne strukture, dinamike, optičkih i spektroskopskih svojstava molekula, kao i za predviđanje kemijskih reakcija.

Gaussian je dostupan isključivo zaposlenicima i suradnicima Sveučilišta u Zagrebu.

Gaussian prilikom paralelizacije radi s dijeljenom memorijom, odnosno nema mogućnost širenja van jednog računalnog čvora.

Verzije

VerzijaModulSupekPadobran
16 (rev. C01)scientific/gaussian/16-C01check mark button check mark button

Službena dokumentacija

Primjeri

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti na 8 procesorskih jezgri.

Aplikacija se pokreće pomoću dog skripti koje u Vašu okolinu postavljaju sve potrebne varijable (pa tako i broj traženih procesorskih jezgri) te pozivaju i samu izvršnu datoteku.

Bash skripta
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=8:mem=2gb

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/gaussian/16-C01

dog input.com

Korištenje skripte dog.mem

dog.mem je proširena dog skripta koja automatski ukomponira korištenje %Mem opcije, odnosno interne Gaussianove varijable GAUSS_MDEF.

Konkretno, od ukupno zatražene memorije u zaglavlju PBS skripte, Gaussian će se ograničiti na alociranje 75 % zatraženog iznosa. Tako će za zatraženih 32 GiB, Gaussian ograničiti na alociranje 25770 MB.

Bash skripta
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=16:mem=32gb

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/gaussian/16-C01

dog.mem input.com
run.sh.o1654
G16 is running on 16 CPU cores, allocating a maximum memory (RAM) of 25770 MB.
Input-file: input.com


  • No labels