Opis

Pilgrim je računalno-kemijska aplikacija napisana u Pythonu, osmišljena za izračunavanje konstanti brzine kemijskih reakcija i simulaciju mehanizama kemijske kinetike. Pilgrim radi u "suradnji" s drugim aplikacijama za izračun elektronske strukture, odnosno Gaussianom i ORCA-om.

Službena dokumentacija

Verzije

VerzijaModulPodrškaSupekPadobran
2021.5

scientific/pilgrim/2021.5

CPUcheck mark button (error) 

Napomene

Aplikacija je prilagođena da radi s postojećim Gaussian (dog.mem) i ORCA (runorca.mpi) wrapperima na Supeku, stoga nije potrebno prethodno prilagođavati input datoteke traženim resursima.

Više o tome na pripadajućim stranicama:

Primjer korištenja

Gaussian

#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=8:mem=16gb
#PBS -j oe

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load "scientific/pilgrim/2021.5"

pilgrim.py --gather
pilgrim.py --path --software gaussian

ORCA

#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:mem=2gb
#PBS -l place=pack
#PBS -j oe

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load "scientific/pilgrim/2021.5"

pilgrim.py --gather
pilgrim.py --path --software orca