Opis
CREST (engl. Conformer-Rotamer Ensemble Sampling Tool) je računalno kemijska aplikacija koja se temelji na xTB (engl. extended tight‐binding) metodama, a koristi za generiranje i analizu različitih konformacija molekula.
CREST je aplikacija otvorenog koda, a kao i aplikacija xTB, podržava OpenMP paralelizaciju što znači da radi s dijeljenom memorijom te se ne može širiti van jednog računalnog čvora.
Verzije
| CREST verzija | Preporučena xTB verzija | CREST modul | Preporučeni xTB modul | Paralelizacija | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 2.12 | 6.4.0 | scientific/crest/2.12-gnu | scientific/xtb/6.4.0-gnu | OpenMP |
Službena dokumentacija
Primjeri
CREST će vrijednost OMP_NUM_THREADS dobiti po definiranju ncpus varijable u zaglavlju PBS skripte.
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s 32 OpenMP threada.
Bash skripta
#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=32
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/crest/2.12-gnu
module load scientific/xtb/6.6.0-gnu
crest C2H4BrCl-opt.xtbopt.xyz --chrg 0 --uhf 0 --opt vtight --alpb chcl3