Opis

CREST (engl. Conformer-Rotamer Ensemble Sampling Tool) je računalno kemijska aplikacija koja se temelji na xTB (engl. extended tight‐binding) metodama, a koristi za generiranje i analizu različitih konformacija molekula.

CREST je aplikacija otvorenog koda, a kao i aplikacija xTB, podržava OpenMP paralelizaciju što znači da radi s dijeljenom memorijom te se ne može širiti van jednog računalnog čvora.

Budući da se zasniva na extended tight‐binding aproksimacijama, za svoje izvršavanje treba funkcionalnosti aplikacije xTB.

Iz tog razloga, kako bi koristili određenu verziju CREST-a, trebate učitati i modul željene verzije xTB-a.

Verzije

CREST verzijaPreporučena xTB verzijaCREST modulPreporučeni xTB modulParalelizacijaSupekPadobran
2.126.4.0scientific/crest/2.12-gnuscientific/xtb/6.4.0-gnuOpenMPcheck mark button check mark button

Službena dokumentacija

Primjeri

CREST će vrijednost OMP_NUM_THREADS dobiti po definiranju ncpus varijable u zaglavlju PBS skripte.

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s 32 OpenMP threada.

Bash skripta
#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=32

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/crest/2.12-gnu
module load scientific/xtb/6.6.0-gnu

crest C2H4BrCl-opt.xtbopt.xyz --chrg 0 --uhf 0 --opt vtight --alpb chcl3
  • No labels