Opis
xTB (engl. extended Tight-Binding) je aplikacija za računalnu kemiju koja omogućava relativno brze izračune molekulskih struktura i svojstava. Temelji se na tzv. "tight-binding" aproksimaciji elektronske strukture molekula, koja pruža dobru ravnotežu između točnosti i brzine izračuna.
Neki od primjena su izračuni optimalne geometrije molekule, vibracijskih frekvencija, dipolnih momenata, simulacija kemijskih reakcija izračunavanjem reakcijskog puta i energetskih barijera između različitih prijelaznih stanja molekule itd.
xTB je aplikacija otvorenog koda, a podržava OpenMP paralelizaciju što znači da radi s dijeljenom memorijom te se ne može širiti van jednog računalnog čvora.
Verzije
| Verzija | Modul | Podrška | Paralelizacija | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|---|---|
| 6.4.0 | scientific/xtb/6.4.0-gnu | CPU | OpenMP | ||
| 6.5.1 | scientific/xtb/6.5.1-gnu | CPU | OpenMP |  | |
| 6.6.0 | scientific/xtb/6.6.0-gnu | CPU | OpenMP | |
Službena dokumentacija
Primjeri
Kad u zaglavlju PBS skripte definirate vrijednost varijable ncpus, u okolinu se automatski doprema ista vrijednost OMP_NUM_THREADS varijable.
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s 32 OpenMP threada.
#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=32
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/xtb/6.6.0-gnu
xtb C2H4BrCl.xyz --chrg 0 --uhf 0 --opt vtight --alpb chcl3