Opis

xTB (engl. extended Tight-Binding) je aplikacija za računalnu kemiju koja omogućava relativno brze izračune molekulskih struktura i svojstava. Temelji se na tzv. "tight-binding" aproksimaciji elektronske strukture molekula, koja pruža dobru ravnotežu između točnosti i brzine izračuna.

Neki od primjena su izračuni optimalne geometrije molekule, vibracijskih frekvencija, dipolnih momenata, simulacija kemijskih reakcija izračunavanjem reakcijskog puta i energetskih barijera između različitih prijelaznih stanja molekule itd.

xTB je aplikacija otvorenog koda, a podržava OpenMP paralelizaciju što znači da radi s dijeljenom memorijom te se ne može širiti van jednog računalnog čvora.

Verzije

VerzijaModulPodrškaParalelizacijaSupekPadobran
6.4.0scientific/xtb/6.4.0-gnuCPUOpenMPcheck mark button check mark button
6.5.1scientific/xtb/6.5.1-gnuCPUOpenMPcheck mark button (error) 
6.6.0scientific/xtb/6.6.0-gnuCPUOpenMPcheck mark button (error) 
6.7.1scientific/xtb/6.7.1CPUOpenMPcheck mark buttoncheck mark button

Službena dokumentacija

Primjeri

Kad u zaglavlju PBS skripte definirate vrijednost varijable ncpus, u okolinu se automatski doprema ista vrijednost OMP_NUM_THREADS varijable.

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s 32 OpenMP threada.

Bash skripta
#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=32

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/xtb/6.6.0-gnu

xtb C2H4BrCl.xyz --chrg 0 --uhf 0 --opt vtight --alpb chcl3