CREST (engl. Conformer-Rotamer Ensemble Sampling Tool) je računalno kemijska aplikacija koja se temelji na xTB (engl. extended tight‐binding) metodama, a koristi za generiranje i analizu različitih konformacija molekula.
CREST je aplikacija otvorenog koda, a kao i aplikacija xTB, podržava OpenMP paralelizaciju što znači da radi s dijeljenom memorijom te se ne može širiti van jednog računalnog čvora.
Budući da se zasniva na extended tight‐binding aproksimacijama, za svoje izvršavanje treba funkcionalnosti aplikacije xTB. Iz tog razloga, kako bi koristili određenu verziju CREST-a, trebate učitati i modul željene verzije xTB-a. |
CREST verzija | Preporučena xTB verzija | CREST modul | Preporučeni xTB modul | Paralelizacija | Supek | Padobran |
---|---|---|---|---|---|---|
2.12 | 6.4.0 | scientific/crest/2.12-gnu | scientific/xtb/6.4.0-gnu | OpenMP |
CREST će vrijednost |
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s 32 OpenMP threada.
#PBS -q cpu #PBS -l ncpus=32 cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/crest/2.12-gnu module load scientific/xtb/6.6.0-gnu crest C2H4BrCl-opt.xtbopt.xyz --chrg 0 --uhf 0 --opt vtight --alpb chcl3 |