Opis
Amber je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku (MD), a prvenstveno se koristi za simulacije makromolekula.
Amber se prvenstveno temelji na klasičnoj mehanici, što znači da koristi jednadžbe gibanja klasične mehanike za izračunavanje kretanja molekule i njihovih segmenata. MD simulacije mogu pružiti informacije o ponašanju i svojstvima molekula, poput njihovih konformacija, energija i interakcija s drugim molekulama.
Amber je komercijalna aplikacija, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP, kao i upotrebu grafičkih procesora koji značajno ubrzavaju MD izračune.
Verzije
verzija | modul | podrška | paralelizacija |
---|---|---|---|
22 | scientific/amber/22-gnu | CPU | MPI + OpenMP |
22 | scientific/amber/22-cuda | GPU + CPU | MPI + OpenMP |
Službena dokumentacija
Primjeri
GPU
Amber proračun možete korištenjem jednog ili više grafičkih procesora.
U primjeru niže, aplikacija će stvoriti 2 MPI procesa, pri čemu će svaki koristiti 1 GPU i 1 CPU jezgru.
#!/bin/bash #PBS -q gpu #PBS -l select=2:ngpus=1:ncpus=1 #PBS -N run-pmemd MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/amber/22-cuda mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth \ pmemd.cuda.MPI -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc