Opis

Amber je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku (MD), a prvenstveno se koristi za simulacije makromolekula.

Amber se prvenstveno temelji na klasičnoj mehanici, što znači da koristi jednadžbe gibanja klasične mehanike za izračunavanje kretanja molekule i njihovih segmenata. MD simulacije mogu pružiti informacije o ponašanju i svojstvima molekula, poput njihovih konformacija, energija i interakcija s drugim molekulama.

Amber je komercijalna aplikacija, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP, kao i upotrebu grafičkih procesora koji značajno ubrzavaju MD izračune. 

Verzije

VerzijaModulPodrškaParalelizacijaSupekPadobran
22scientific/amber/22-gnuCPUMPI + OpenMPcheck mark buttoncheck mark button
22scientific/amber/22-cudaGPU + CPUMPI + OpenMPcheck mark button(error)

Službena dokumentacija

Primjeri

Napomene

Supek

Podrazumijevano PBS ponašanje je „slobodno" razmještanje chunkova po slobodnim čvorovima.

Zbog aktualnog cray-pals buga, trenutno je ograničen broj poslova koji se mogu širiti van čvora kad koriste Cray-ev mpiexec. Ako Vaš posao prijeđe taj limit te proširi svoje MPI procese na druge čvorove, prekinut će se.

Kako bi sigurno izbjegli bug, potrebno je sve MPI procese smjestiti na isti čvor. Najjednostavniji način je korištenjem opcije:

#PBS -l place=pack

Padobran

U slučaju izvođenja na računalnom klasteru Padobran, aplikaciju je potrebno zadržati u granicama jednog čvora, dodavanjem opcije: 

#PBS -l place=pack

CPU

MPI

U primjeru niže, aplikaciji će se dodijeliti 16 CPU jezgara.

PBS skripta
#PBS -q cpu
#PBS -l select=16:mem=500mb
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/amber/22-gnu

mpiexec sander.MPI -A -i md.mdin -p 4LYT.parm7 -c 4LYT.heat.rst7 -cpin 4LYT.cpin -o 4LYT.equil.mdout -cpout 4LYT.equil.cpout -r 4LYT.equil.rst7 -x 4LYT.equil.nc -cprestrt 4LYT.equil.cpin

GPU

Aplikaciju možete paralelizirati korištenjem jednog ili više grafičkih procesora.

Single GPU

U primjeru niže, aplikaciji će se dodijeliti 1 GPU i 1 CPU jezgra.

PBS skripta
#PBS -q gpu
#PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=1:mem=2gb

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/amber/22-cuda

pmemd.cuda -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc

Multi GPU

U primjeru niže, aplikacija će stvoriti 2 MPI procesa, pri čemu će se svakom MPI procesu dodijeliti 1 GPU i 1 CPU jezgra.

PBS skripta
#PBS -q gpu
#PBS -l select=2:ngpus=1:ncpus=1:mem=2gb
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/amber/22-cuda

mpiexec pmemd.cuda.MPI -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc
  • No labels