Opis

Amber je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku (MD), a prvenstveno se koristi za simulacije makromolekula.

Amber se prvenstveno temelji na klasičnoj mehanici, što znači da koristi jednadžbe gibanja klasične mehanike za izračunavanje kretanja molekule i njihovih segmenata. MD simulacije mogu pružiti informacije o ponašanju i svojstvima molekula, poput njihovih konformacija, energija i interakcija s drugim molekulama.

Amber je komercijalna aplikacija, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP, kao i upotrebu grafičkih procesora koji značajno ubrzavaju MD izračune. 

Verzije

Službena dokumentacija

• https://ambermd.org/doc12/Amber22.pdf
• https://ambermd.org/tutorials/

Primjeri

GPU

Amber proračun možete korištenjem jednog ili više grafičkih procesora.

U primjeru niže, aplikacija će stvoriti 2 MPI procesa, pri čemu će svaki koristiti 1 GPU i 1 CPU jezgru.

#!/bin/bash

#PBS -q gpu
#PBS -l select=2:ngpus=1:ncpus=1
#PBS -N run-pmemd

MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/amber/22-cuda

mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth \
 pmemd.cuda.MPI -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc