GROMACS u ovoj izvedbi koristi prethodno kompajliran libcp2k.a CP2K library te iste FFT, BLAS i LAPACK library-je koje je CP2K koristio prilikom kompajliranja. Integracija GROMACS-a i CP2K-a omogućuje dodatnu funkcionalnost GROMACS-a.
| Verzija | Implementacija | Modul |
|---|---|---|
GROMACS v2022 w/ CP2K v9.1.0 | double precision mpi | gromacs-cp2k/2022-9.1.0 |
Primjeri korištenja
Za pokretanje primjera niže, potrebno je preuzeti datoteku topol.tpr te postaviti u isti direktorij sa SGE skriptom.
Korištenje paralelne okoline mpi:
run.sge
#!/bin/bash
#$ -N gmx_cp2k
#$ -cwd
#$ -pe *mpi 20
# Učitavanje modula:
module load gromacs-cp2k/2022-9.1.0
# Pokretanje posla:
mpirun -np ${NSLOTS} --machinefile ${TMPDIR}/machines gmx_cp2k mdrun -ntomp 1 -pin on -v -s topol.tpr
Korištenje paralelne okoline mpisingle:
run.sge
#!/bin/bash
#$ -N gmx_cp2k
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 8
# Učitavanje modula:
module load gromacs-cp2k/2022-9.1.0
# Pokretanje posla:
gmx_cp2k mdrun -ntomp ${NSLOTS} -pin on -v -s topol.tpr