Korištenje
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 2.3.3 | bioinfo/megalodon/2.3.3 |
Primjer skripte za opis poslova:
megalodon.sge
#$ -N male_pupae_2 #$ -pe gpusingle 1 #$ -l cores=8 #$ -cwd module load bioinfo/megalodon/2.3.3 GPUDEVICE=$(cat $TMPDIR/gpu) megalodon fast5_male_pupae_head \ --outputs basecalls mappings mod_mappings mods \ --reference 30k_polished3.fasta \ --mod-map-emulate-bisulfite \ --mod-map-base-conv C T \ --mod-map-base-conv Z C \ --mod-binary-threshold 0.6 \ --guppy-params "-d ./rerio/basecall_models/ --num_callers 8" \ --guppy-config res_dna_r941_min_modbases-all-context_v001.cfg \ --devices $GPUDEVICE --processes 8 \ --overwrite \ --output-directory male_pupae_head_methylated
Važno
Aplikacija Megalodon se oslanja na Guppy basecaller koji radi isključivo s GPU procesorima. Također se oslanja na klasične procesore za paralelno učitavanje podataka pa je potrebno zadavati atribut
cores . Sam broj zatraženih CPU jezgara se onda mora ispravno navoditi u num_callers i procesess parametrima aplikaciji - u primjeru je to 8.Napomena
Aplikacija je instalirana i konfigurirana u Python virtualnom okruženju kojeg korisnik može proširiti sa svojim proizvoljnim Python aplikacijama. Nakon učitavanja modula, korisnik dodatne aplikacije instalira s:
pip3 install --prefix $LOCALPKGS potrebni-python-pkg
Instalacija
Preduvjet za instalaciju aplikacije Megalodon jest Guppy basecaller. Potrebni CentOS RPM paket se nalazi na: https://community.nanoporetech.com/downloads . Aplikacija se također povezuje na ZeroMQ biblioteku koja je instalirana iz Software collections repozitorija dodatnih paketa sustava CentOS 7. Sam a aplikacija Megalodon se distribuira se kroz Python paketni sustav PyPI. Na klasteru je instaliran u zasebnom Python virtual environmentu.
Naredbe instalacije
yum localinstall -y ont-guppy-5.0.11-1.el7.x86_64.rpm pip3 install numpy pip3 install ont-pyguppy-client-lib==5.0.11 pip3 install megalodon==2.3.3