https://github.com/davidemms/OrthoFinder
Dostupne verzije:
Verzija | Modul |
---|---|
2.3.8 | bioinfo/OrthoFinder/2.3.8 |
Primjer korištenja
Aplikacija OrthoFinder ne radi na pristupnom čvoru zbog dozvola memorije "/dev/shm" ali uredno radi na radnim čvorovima. Prilikom pokretanja poslova potrebno je staviti opciju "-t $NSLOTS" da se ne raširi po čitavom čvoru.
#!/bin/bash #$ -N test #$ -cwd module load bioinfo/OrthoFinder/2.3.8 orthofinder -h
Testni primjer aplikacije.
OrthoFinder.sge
#!/bin/bash #$ -N test #$ -cwd module load bioinfo/OrthoFinder/2.3.8 orthofinder -t $NSLOTS -f /apps/bioinfo/OrthoFinder/2.3.8/ExampleData/ -o $PWD/test -S diamond
qsub OrthoFinder.sge
Parametri instalacije aplikacije
Aplikacija je preuzeta i odpakirana:
wget https://github.com/davidemms/OrthoFinder/releases/download/2.3.8/OrthoFinder_glibc-2.15.tar.gz tar -xvf rthoFinder_glibc-2.15.tar.gz