Opis
AutoDock Vina je računalno-kemijska aplikacija za molekulski docking.
Aplikacija je otvorenog koda, a radi u serijskom načinu rada.
Verzije
Verzija | Modul | Podrška | Paralelizacija | Kompajler | Supek | Padobran |
---|---|---|---|---|---|---|
1.2.5 | scientific/autodock-vina/1.2.5 | CPU | Serijska | GNU |
Službena dokumentacija
Napomene
Aplikacija radi u serijskom načinu rada te ju je potrebno pokretati u redu poslova cpu-single
.
U slučaju rada s velikim brojem sličnih inputa, preporučuje se korištenje nizova (polja) poslova, danih PBS opcijom -J
.
Primjeri
U primjeru niže, pokrenut će se niz od 6 "pod-poslova", svaki na vlastitoj procesorskoj jezgri i uz rezervaciju 2 GiB po "pod-poslu" (jezgri).
Inputi se nalaze u datotekama input_1.txt
, input_2.txt
... input_6.txt
Bash skripta
#PBS -q cpu-single #PBS -l select=1:ncpus=1:mem=2gb #PBS -J 1-6:1 cd ${PBS_O_WORKDIR} module load "scientific/autodock-vina/1.2.5" vina --config input_${PBS_ARRAY_INDEX}.txt