Opis

AutoDock Vina je računalno-kemijska aplikacija otvorenog koda, za molekulski docking.

Verzije

VerzijaModulPodrškaParalelizacijaKompajlerSupekPadobran
1.2.5scientific/autodock-vina/1.2.5CPUOpenMPGNUcheck mark button(error)

Službena dokumentacija

Primjeri

Bash skripta
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=32:mem=32gb

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load "scientific/autodock-vina/1.2.5"

vina --cpu ${OMP_NUM_THREADS} --config config.txt --ligand lgnd963.pdbqt
vina --cpu ${OMP_NUM_THREADS} --config config.txt --ligand lgnd255.pdbqt
vina --cpu ${OMP_NUM_THREADS} --config config.txt --ligand lgnd965.pdbqt

Niz (polje) poslova

U slučaju rada s velikim brojem sličnih inputa, preporučuje se korištenje nizova (polja) poslova, danih PBS opcijom -J.

U primjeru niže, pokrenut će se niz od 6 "pod-poslova", svaki na vlastitim procesorskim jezgrama (32 kom.), i uz rezervaciju 32 GiB po "pod-poslu".

Inputi se nalaze u datotekama input_1.txt, input_2.txt... input_6.txt

Bash skripta
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=32:mem=32gb
#PBS -J 1-6:1

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load "scientific/autodock-vina/1.2.5"

vina --cpu ${OMP_NUM_THREADS} --config input_${PBS_ARRAY_INDEX}.txt