Opis

Amber je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku (MD), a prvenstveno se koristi za simulacije makromolekula.

Amber se prvenstveno temelji na klasičnoj mehanici, što znači da koristi jednadžbe gibanja klasične mehanike za izračunavanje kretanja molekule i njihovih segmenata. MD simulacije mogu pružiti informacije o ponašanju i svojstvima molekula, poput njihovih konformacija, energija i interakcija s drugim molekulama.

Amber je komercijalna aplikacija, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP, kao i upotrebu grafičkih procesora koji značajno ubrzavaju MD izračune. 

Verzije

Službena dokumentacija

• https://ambermd.org/doc12/Amber22.pdf
• https://ambermd.org/tutorials/

Primjeri

CPU

U primjeru niže, aplikaciji će se dodijeliti 16 CPU jezgara.

#PBS -q cpu
#PBS -l select=16

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/amber/22-gnu

mpiexec sander.MPI -A -i md.mdin -p 4LYT.parm7 -c 4LYT.heat.rst7 -cpin 4LYT.cpin -o 4LYT.equil.mdout -cpout 4LYT.equil.cpout -r 4LYT.equil.rst7 -x 4LYT.equil.nc -cprestrt 4LYT.equil.cpin

GPU

Aplikaciju možete paralelizirati korištenjem jednog ili više grafičkih procesora.

Single GPU

U primjeru niže, aplikaciji će se dodijeliti 1 GPU i 1 CPU jezgra.

#PBS -q gpu
#PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=1

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/amber/22-cuda

pmemd.cuda -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc 

Multi GPU

U primjeru niže, aplikacija će stvoriti 2 MPI procesa, pri čemu će se svakom MPI procesu dodijeliti 1 GPU i 1 CPU jezgra.

#PBS -q gpu
#PBS -l select=2:ngpus=1:ncpus=1

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/amber/22-cuda

mpiexec pmemd.cuda.MPI -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc