Opis
RELION (REgularized LIkelihood OptimizatioN) je aplikacija za obradu i analizu krioelektronskih mikroskopija (engl. cryo-EM) makromolekula. Cryo-EM je tehnika koja omogućuje određivanje trodimenzionalnih struktura bioloških makromolekula pomoću elektronskih mikroskopa.
Verzije
| Verzija | modul | C/C++ kompajler | FFT knjižnice | Podrška |
|---|---|---|---|---|
| 4.0.1 | scientific/relion/4.0.1-gnu | GNU (11.2.0) | Cray FFTW | GPU + CPU |
Službena dokumentacija
Primjer
GPU
Grafički procesor definira se PBS opcijom ngpus, a broj CPU jezgri definira se putem OpenMP dretvi (engl. threads), odnosno u zaglavlju PBS skripte odabirom vrijednosti ncpus.
RELION će vrijednost
OMP_NUM_THREADS dobiti po definiranju ncpus varijable u zaglavlju skripte.U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s jednim grafičkim procesorom i četiri CPU jezgre.
PBS skripta
#!/bin/bash
#PBS -q gpu
#PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=4
module load scientific/relion/4.0.1-gnu
cd ${PBS_O_WORKDIR}/relion_benchmark
rm -rf out/
mkdir out
relion_refine --gpu --j ${OMP_NUM_THREADS} --i Particles/shiny_2sets.star --o out/
Benchmarking set podataka za RELION možete preuzeti koriteći:
wget "ftp://ftp.mrc-lmb.cam.ac.uk/pub/scheres/relion_benchmark.tar.gz"