Opis
RELION (REgularized LIkelihood OptimizatioN) je aplikacija za obradu i analizu krioelektronskih mikroskopija (engl. cryo-EM) makromolekula. Cryo-EM je tehnika koja omogućuje određivanje trodimenzionalnih struktura bioloških makromolekula pomoću elektronskih mikroskopa.
Verzije
| Verzija | modul | C/C++ kompajler | FFT knjižnice | Podrška | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 4.0.1 | scientific/relion/4.0.1-cuda | GNU (8.5.0) | FFTW | GPU + CPU |  |
Službena dokumentacija
Primjer
GPU
Grafički procesor definira se PBS opcijom ngpus, koja će u okolinu izvesti varijablu CUDA_VISIBLE_DEVICES, a čija će vrijednost biti UUID grafičkog procesora koji Vam je sustav dodijelio.
Vrijednost
OMP_NUM_THREADS preuzet će se iz zaglavlja skripte, odnosno po definiranju ncpus varijable.U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s jednim grafičkim procesorom i četiri CPU jezgre.
PBS skripta
#PBS -q gpu
#PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=4
module load "scientific/relion/4.0.1-cuda"
cd ${PBS_O_WORKDIR}
rm -rf out && mkdir out
relion_refine --gpu --j ${OMP_NUM_THREADS} --i Particles/shiny_2sets.star --o out/
Benchmarking set podataka za RELION možete preuzeti koriteći:
wget "ftp://ftp.mrc-lmb.cam.ac.uk/pub/scheres/relion_benchmark.tar.gz"