Opis

GROMACS je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku (MD), a prvenstveno se koristi za simulacije makromolekula te se može smatrati besplatnom alternativom komercijalnom Amberu.

GROMACS se prvenstveno temelji na klasičnoj mehanici, što znači da koristi jednadžbe gibanja klasične mehanike za izračunavanje kretanja molekule i njihovih segmenata. MD simulacije mogu pružiti informacije o ponašanju i svojstvima molekula, poput njihovih konformacija, energija i interakcija s drugim molekulama.

GROMACS je aplikacija otvorenog koda, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP, kao i upotrebu grafičkih procesora koji značajno ubrzavaju MD izračune. 

Verzije

Službena dokumentacija

• https://manual.gromacs.org/current/index.html

Primjeri

MPI + OpenMP

Budući da aplikacija podržava hibridnu paralelizaciju, MPI procese možete podijeliti na OpenMP threadove.

U primjeru niže, aplikacija će stvoriti 8 MPI procesa, podijeljenih u 4 OpenMP threada.

#PBS -N run-gmx
#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:ncpus=4
#PBS -j oe


MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/gromacs/2023-gnu

mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -pin on -v -deffnm md

MPI

Ukoliko aplikaciju ne želite dijeliti aplikaciju u OpenMP threadove, možete koristiti paralelizaciju isključivo na razini MPI procesa.

U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 32 MPI procesa.

#PBS -N run-gmx
#PBS -q cpu
#PBS -l select=32:ncpus=1
#PBS -j oe

MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/gromacs/2023-gnu

mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -pin on -v -deffnm md

OpenMP

Ukoliko aplikaciju želite dijeliti isključivo u OpenMP threadove, morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da u ovom slučaju aplikacija radi s dijeljenom memorijom.

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s 32 OpenMP threada.

#PBS -N run-gmx
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=32
#PBS -j oe

MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/gromacs/2023-gnu

gmx mdrun -pin on -v -deffnm md