Opis

xTB (engl. extended Tight-Binding) je aplikacija za računalnu kemiju koja omogućava relativno brze izračune molekulskih struktura i svojstava. Temelji se na tzv. "tight-binding" aproksimaciji elektronske strukture molekula, koja pruža dobru ravnotežu između točnosti i brzine izračuna.

Neki od primjena su izračuni optimalne geometrije molekule, vibracijskih frekvencija, dipolnih momenata, simulacija kemijskih reakcija izračunavanjem reakcijskog puta i energetskih barijera između različitih prijelaznih stanja molekule itd.

xTB je aplikacija otvorenog koda, a podržava OpenMP paralelizaciju što znači da radi s dijeljenom memorijom te se ne može širiti van jednog računalnog čvora.

Verzije

Službena dokumentacija

• https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/contents.html

Primjeri

OpenMP

Za uspješno izvršenje aplikacije morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da u aplikacija radi s dijeljenom memorijom.

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s 32 OpenMP threada.

#PBS -N run-xtb
#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=32

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/xtb/6.6.0-gnu

xtb C2H4BrCl.xyz --chrg 0 --uhf 0 --opt vtight --alpb chcl3