Opis
bwa-mem2 je novija verzija bwa-mem algoritma. Proizvodi poravnavanje (alignment) identično bwa i brži je ~1.3-3.1x ovisno u use-caseu, setu podataka i mašini na kojoj se izvodi.
Verzije
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 2.2.1 | bwa-mem2/2.2.1 |
Službena dokumentacija
- https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2
- SRA: SRR7733443
fastq-dump --split-files SRR7733443
- ref:
Primjeri
index.pbs
#PBS -N index #PBS -q cpu #PBS -l select=1:ncpus=8:mem=100GB cd $PBS_O_WORKDIR module load bwa-mem2 bwa-mem2 index human_g1k_v37.fasta
mapping.pbs
#PBS -N mapping #PBS -q cpu #PBS -l select=1:ncpus=40:mem=100GB cd $PBS_O_WORKDIR module load bwa-mem2/2.2.1 bwa-mem2 mem -t $NCPUS human_g1k_v37.fasta SRR7733443_1.fastq SRR7733443_2.fastq > d4_align.sam
Napomene
Uzimanje resursa